domain-a.com の .htaccess ファイルに次のコードがあり、検索エンジンのみを domain-b.com に 301 リダイレクトする必要があります。
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} domain-a.com$ [NC]
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} Googlebot [OR]
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} msnbot [OR]
RewriteCond %{HTTP_USER_AGENT} Slurp
RewriteRule ^(.*)$ www.domain-b.com/$1 [L,R=301]
これにより、ドメインがクレイジーなことをするようになるため、どこかで何かを見逃したと思います。問題は、ドメイン名で一種のループに陥り、これが 404 になることです。
テストには、Firefox のユーザー エージェント切り替えアドオンを使用します。