phpDocumentor 2 を使用するのは初めてですが、ドキュメントのルート フォルダーにあるすべてのファイルは正常に見えます。
残念ながら、サブディレクトリ (クラス、名前空間、およびパッケージ) にあるものは、「../css/template.css」ではなく「css/template.css」を参照しているため、正しく見えず、正しく機能しません。(JSと同じ問題)
ある種の構成の問題がありませんか? phpDoc サイトのデモには、親ディレクトリへの参照が含まれているようです。
前もって感謝します!