r - R のヒートマップ、色の表現と x 軸の削除

Question

ヒートマップを作りました。私が使用したコードは次のとおりです。

 heatmap(t(data.matrix(survey)))

x軸には何も必要ありません。プロットでは、次のコマンドは x 軸の数値を削除します。

  xaxt='n'

また、上部にグラフを追加したい場合 (色の表現について説明します。黄色は値が低く、赤は値が高いことを意味します)、どうすればそれを行うことができますか? わからないので試したこともありません。私が考えることができるのは「スケール」だけですが、うまくいきませんでした。

最後に、色 (緑と赤) を変更しようとしましたが、そのために次のものを使用しました。

  mycol = c("green","red")
  heatmap(t(data.matrix(zscoreplus)),col=mycol)

1枚目と違い、間に色はありません。（1枚目はもっと種類が多かったです。） 狙っていたのは、赤、薄赤、赤緑、緑、深緑…。

ps 何らかの理由で、gplots と heatmap.2 がインストールされておらず、R はそれらのパッケージを見つけることができません。

Answer 1

基本的な関数を使用する代わりに、パッケージをheatmap()ロードして、同じ構文でカラー キーを取得することができます。パッケージについてさらに質問がある場合はお知らせください。gplotsheatmap.2()heatmap.2()

編集：

申し訳ありませんが、インストールできないことを読んでいませんでしたgplots。管理者権限が制限されているためですか？

残念ながら、heatmap()カラーキーに関しては制限があります。

しかし、赤→緑の問題については、解決策があります。独自のカラー パレットを作成するには、

my_palette <- colorRampPalette(c("red", "green"))(n = 1000)

それをヒートマップの色として使用します。 heatmap(..., col = my_palette, ...)

あなたの場合、クラスタリングはどのくらい重要ですか? クラスタリングが必要ない場合は、levelplot()関数 (R に付属) を使用できます。これは、優れたカラー キー表現を備えています。

EDIT2：色の「スケール」の問題について。最初の投稿の説明によると、伝説のようなものを意味すると思いました。下のスクリーンショットのようなものが欲しいですか？

EDIT3 x-labels について: 残念ながら、heatmap.2()それらをオフにする直接的なオプションはありません。これらの x ラベルは、colnames読み込んだマトリックス用です。xlabel軸の一般的な説明を制御するだけです (デフォルトではオフになっています)。xlabelsが使用されている場合の意味を示すスクリーンショットを次に示します。

たぶん、マトリックスを空にすることができます ("") colnames。それは役立つはずです。一方、これは申し訳ありませんが、クラスタリングを使用している場合は意味がありません。どちらがどちらであるかをどのように知ることができますか? 別の解決策は、ヒート マップを保存したpdf後、またはから領域またはコードを単純にトリミングすることです。svg5 秒以上かかることはありません。