機能がそれらの間で重複している場合、1つのファイルから2番目のファイルの位置までスキャンして検索しようとしていました。
次のようなファイル Pt があります。
chr10 0 60985
chr10 60988 60990
chr1 165014865 165014867
chr1 1161693 1161695
chr1 158851689 158851689
chr10 64766 64767
chr10 63600 64703
chr11 647696 647697
そしてファイルa（もちろん、以下のような行がたくさんあります）：
chr1 1161693 chr1uGROUPERuDELu0u832 TGCTCTTTCCAGAAACCCTCAACCCTGTACGGTCAGGAGGAAACATGGCACCTCCCCTCTGGGG T 63 NormalSupport;MinSampleCount;LowSomaticScore CLUSTER_NUM=5454;CONTIG=GGTGCAGGGAAGCAGGAAGGAAGTGAAGCTCAAAAGCCCCTAGGACAGGGCACCTCCCCTCTGGATGCTCTTTCCAGAAACCCTCAACCTTGTACGGTCAGGAGAAAACACATCCCACAAG;CONTIG_NUM=5840;DOWNSTREAM=GCTCTTTCCAGAAACCCTCAACCCTGTACGGTCAGGAGAAAACACATCCCACAAG;END=1161756;NS=1;READSOURCES=(0:3:0,1:2:13);SOMATICSCORE=19;SVLEN=-63;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=GGTGCAGGGAAGCGGGAAGGAAGTGAAGCTCAAAAGCCCCTAGGACAGGGCACCTCCCCTCTGGAT;ensembl_gene_id=ENSG00000078808 GT:GQ 1/.:.
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chr1 184683773 chr1uGROUPERuDELu3u15990 TAACAGTTTGGATGAAAAAAATGTAAGGTATGCTCATCTAAACTATAGATCATTGAAAACTGGTAGTTTAGCTAATGAGATTCAACCTCTAGACCAAAATCTAGAAACAAAACAAAAAAAGAAATTTTGCTGAGTTAAATATAAAAGTTCTAAGTTTACACTAAAAAAAAGAA T 93 PASS CLUSTER_NUM=82731;CONTIG=TAAACCACCACATGCAAAGAGCCTGTAACTGAAAGCTCTTGAGTGCAGTGCCACAAGGCACTGGTTGGGGTCCAACCAAAACTTCTTCCTAACTTGGCTGCTCAAAGGCAGGGTGGAGAACACTCATTTGTCAGCAGACCATAC;CONTIG_NUM=79822;DOWNSTREAM=AACTTGGCTGCTCAAAGGCAGGGTGGAGAACACTCATTTGTCAGCAGACCATAC;END=184683945;NS=1;READSOURCES=(0:12:46,1:0:44);SOMATICSCORE=30;SVLEN=-172;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=TAAACCACCACATGCAAAGAGCCTGTAACTGAAAGCTCTTGAGTGCAGTGCCACAAGGCACTGGTTGGGGTCCAACCAAAACTTCTTCCT;ensembl_gene_id=ENSG00000116406 GT:GQ 1/.:.
chr1 193557238 chr1uGROUPERuDELu3u20250 TGTGTGTATACACACACACACATATATGTGTGTATACACACACACACATATATATATGTGTGTATACACACACACACATATATATGTGTGTATACACACAC T 100 NormalSupport CLUSTER_NUM=103112;CONTIG=TTTAAAATAAGGGGGGAAATTTATATATATATATATATATATATGTGTGTGTGTATACACACACACATATATATATATACACACACACATATATATATATATACACATACACACACACACACACACACACACACACACACACTGTTTGAAATA;CONTIG_NUM=99338;DOWNSTREAM=ACATATATATATATGTGTGTATACACACACACATATATATATATACACACACACATATATATATATACACATACACACACACACACACACACACACACACACACACACTGTTTGAAATA;END=193557338;NS=1;READSOURCES=(0:23:0,1:3:26);SOMATICSCORE=60;SVLEN=-100;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=TTTAAAATAAGGGGGGAAATTTATATATATATAT GT:GQ 1/.:.
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ACAAGCTGTTGGGTTATCTCTTTATGATCTTCAACTACACTAAGAAGTGTGTCAATTGTATTCAGAATTCCCATAGCAGTAACTGCTTTGTCATCACTACCTTCTTCATCTGGCCCTGTCTGGATTACTTGGCTAAATGTCATTGCCAACTGTTGTGTCATTTCTACTGCAATAGGAGTAACTTCTTCACTATTTTCACAGATCATTTTCTGAATTACATTGGTAAGGTCATCATTTTCTGTTTCTGTTATAATATGAAGAAGAGCCTGCATTACAGGTCTGATAAATGCTGTGATACATTCTTTAGATTTTTCTTGATTGCTGATAAATACTTGAAGGACAATGGCAGCTTCCACTTTCACAGGCATGTCTCTGTCATCAATCAGACATCTTCTTGTTAGCTCTAAAGCTGTTTGAATGTTCTGATCACTTTTGAACTTTACTTCACAAAAATAGTGAAGTACTCAGCAAGCCCTTGCTCTCATGTAGCCTAGTTCACTGCTGAAGAGAGAGAACACATGATTCTGCAACATGTATTCCATCTGATCATTACAGATCTTTTTCTTCAGAAGTGTTTCAGCTAAAGAGCCAATCATGCAGGGCTCCATCTTTTTTTCAAAGGTCAGCATTGGGTTCTGTAAGAATCTGGTAACAAAATCCCATAGTCTTTTGAAGTACCTCCTTCCTCTTACTATGGGCTGTAAACAAAAGCTTCTGGGCAGCAGTGGCAAAGGAAATGAAATCTTCAGACACATCAAACTTCATGCGTATATACTCGTAAGGGTCTTCTTCCCAAAGTTCCTCATCAGCATCTGTATAACACATCAATGGAAAAATAACATCTTGGATAATGCCTTGTATATGGGGCTTCAGATTCTTCCAGGTGAGAGCATGAGAAACTCCTTGATTAATAGAATTTAATGTCTGTTGTAAAACTTGAGGAGCCATATATTGCTTCTCGTTGTACTGTTATAACACTTTCAATAAAACTTGCTGGACACCAACAACAAATTCCTTCAGAAATACTTGAGCAAATTCATTATACTCCTAGGAAACACTGCCAGAGCTTCCATATCTTTCAAAAAGTCTTGCTAAAATATGTAAGGCCCACTTCTTGCATTTCCATTATGATAACTCAGGTCGGTCATCTTCTTCAATTCGAAGTGTTTCAGTCTTTAAAATTTCTACCCATTCTGTCAGGTTCTGTTGGTTTATCAGTTCCAGTGGTATAGAGTATAGAGTATATACTGAACAAGAGCATAGAGTATATACTGAACAAGATCATAGAAGATCTTGAATATTTGTTTCTGGATGACGACAGACTGATCAGACTGGTCAGAAAGAAGCTGGATAAAATGATCCTTTAGAACTGACAGAAAATGCTGCATTGCTGCTACCAATGGACTCCACTCCTCTAGTTTTTTATACTCATAAGTTTTCACAAGCTGATAAAGGCAAATAATTCCTATCCAACAAGCACTGTTATCACACTGAAGATAAAAGCCAGTTTTGTCCACAATGGCAGTCCAGCAGCTTGGATAATCACGTTTGGTGATGTGATGAATGCATGTAGTAAGCTGTACCCTGATGAGCTCAGGAGGATGGATAATGGCTTCTACAATATTTTCTCAAATACAATGGCAATCTTCTTCTGGAATAGTATAAGGGGATATATACTTTTGTGCTGTTTCTTGACCAGGCCAATACTGTGTTATATTTTTCAAATAGATAACACCTGCCTGTCTCACAGGTAAATCCAGCTGTTCCGACATAGTAATCTGGAGCAGCGTTGAGACAAAATTCAGAGATTTGTGTGCTTCATTGAGCTGGCGCTCCATGGCCTCTTGCAGGGCTGGGTCCATGGTGCCCCGCAGGGCCTCGATAATGGTGTTGGGGTCCATTGCAGCATGAACTAGGTCAAACCCAGGGCTTGAGTGCTACTGGGCCAGGAATAGCACTACTCACTGCACACATGGACCTGCCGCAGCGGCAACTGGCGCAAAAGGGCAATGGTGCAATCTTAACTCACTGTAACCTTGAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGACTGCAGGCTCACGCTACCATGCCAAGCTGATTTTGTGTTGTTGTAGAGATAGGGTCTCACTATGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGTCTTAAGCAATCATCCTGCATCAGCCTCCCAAAGTGCTGGATTTACAAGCCTGAGTCACCATGCCTGGCCAATATTTTCAATAGTTAGAGGCAGGATTGAAAAACAATTCCTTTTTGCTTTGCTCAAAATAAGTATTTATGAGCATCCACTTACGAGTTACTGTGCTAGATGCTGGACATACAAATAGAAATAAGACCCAGTTACTGCTGTTGTGGAAAGGGCAACATTAGAGAAATGTTCAGGAAATGGAGGAAAGGCCCTTATCTCAGCTTAAGGAAGCCTTAACTCACTATTGTTTGGCTGAATCTCAAAAATGTACAAACCAATAGGAGTGTCCCCTTCTTCCCTACAGATTCCCTGAAGCCAGTGGGCTGTCTGGCAGGAAAACCAAATACTAACTGTGATTTGCCCATTCTAGAAGGTAAGAGAAGGGATTCAGGGCATGCGTGTAAAGTTAGGCTTTGATGACTTGTGTTAGAAGGTTCAGGAAGAAAGCCGCATCACTTATCCCCTATGGAAAAAAAGGAATGGCCAAGAGAACTTCCTTGAATCCATGAAGAGCTTCCAAAAAGAGAAATTTTAAGTTTAGGGATGATAAGGAGCAGAAAGGCTTGGTCTGCTTTACCTGGTGAGCCTATCAATGCACCCACCAAGCACATGCTTGTTACCCAGCAGAGTGTTGGGCACTAGGGGGTGGAGGAGGATAGAATCTAAGATTACTTTTAGCTCTGAAAATCTCAAGACCATCTAAGTTAGGCTCTTCATTTTACAAAAGACAAAGTGCAGACCCAGAAAAGGCCTTATCCAAAATCACATTACTAGCTCTTGAGTACAAGATTACTAGCAGGCTGCAATCTGGGAAGATGGCTGAAGTGGACTTGACATCATATTAAACTCCAGCATCAGTACTTTGGGCAACATGTAGTCACCAGAGGTCTCTGAGCTGGTGACCAGCTTAGTTAAAACCACTTTCCCCCTTGATAATAGTAAATGCCATTTCCAGTTAAGTTACAGATGACAGATTTTATGGAATGTTTCCACCTTAATGTGCGAGATCTGAATGGTACCTCCATCACTGACATTACATTTTGTTTCTCAACCCTCCTCTTCACAGCTCTTATTAGGAAATCGGGGAAAGTCAGGTGCTGAGGCCCAAAGGAGCTGTGCCTTGCTGGTGTTCCCTCATGAAAGGCTGCAGCCAGAACTGTGTCCTTCCTTCTCAATGCAGGTCTCTATGCTAAACTTGTTCACCCTCTGTTCCAGAGCTTTAGGTGCTCCACACGAAGTACTCTTGAACTCTGTCAACCCTGACCTCTCCCCTGTCATGTAGAAAGGCCTCAAGTGGTAGTTTTTGGAGCTCCCGATCATACAAGCACATGCACCCTTCTCAGGAGAGGGCAATTAGGAAACCTGCTGCTAACTAGAGGTGCCATGGCAGGTGCCAACTGGATCAGTGCAGGATGGAACAGCACATTCCAGACAGCCTCATGAGTTCATTGCTAAGGGTAGAGCTAATTTACAGGAAACATGCAGAGGGTTTGACTGGATCCCCTCTGATACCAGCTGAGCCCAGCTCTCACATGCCTATGGCATGGAGTGGATGGTGCTGGGGCAGGCTTCTCTCAGCCTGACAGCAGAGTAGCTGTCTCCACTATTGAGCCAGGTGTGACCCCAGAATGCCATCTCTACCCCCTCAGCATGGTAGCAATGCCACGGCAGTGAGGATGTGGGGAATGAGGAGCAGCTTAGGAGAGACTAAGGCATTGCAGGACTGAGGTCCACTATGCAGCTCCAGGTCCCCCTACTATGCTCCTTCAAGAACAGTGTTGGTAGTAAGAGATTATCACCAAGTTCCTCTCAACTCAGCAAAACAAGTGGGGAAGCGAGAAAACAAAGGAGGAGGAAGATAGCTTCCTGTGCTGTGAGGACTAATTGCAAGCAAAATATGTGTCAGCTGCCACTGCTCACAGTAAACACTCAACGGATGGTAACCCTAAGGGTTTGGGCTGCAGCTTTAGTGCCCAAATCCTACCTCTATGGAGGGAGTGAGACACTTGGACAACAACAATCAAGGCAGGTGGAGAAAATTCTGGTTTTGCTTGTCCCAAAACAAATCACCTCACCCATAGCAGTGTAAGACAACTAGCATTTTACTATGTTCACAGATTCTGAGCACGAGAAATTTAGAAAAGGCCCAGCAGGATGGCTTGTCTCTCTTTCTTATACCTGGAGCCTCAGCCGGAAAGATTCAAAGACTGGGATGACTTAGTTGGAATCATCTATGAGCCAGTTCATTCACATAACTGGTGGTTGACCCATGCTGTCAGCTAGAACCTGAAGCTGTAAGCTGGAACACCTATACATGGCCCTTCCATGTGGCTCTTTGAATTTCTTTACAGAATGGTAGCTGGGTTCTAAGAGCAGGTGTCCCAAACAAATCACACAGAATCTGTATGACCTTTGATGACTTAGCCTATCACTATAATGTGACTTCTGCCATAGCCACAAGGCTTTCCAGGTTCAAGGGTAGAGAACAAGTATCAAAGGCAAATTTTTAGAAGAACATGTGGAATGGAAGGTAATGTTAAAGCTATCTCTGGAATATACAATCTGCTTCATTTGTCAAGCTAAACATATGCCCCCATAGTCTCCCAATGCAGAGATATTATGTACAATGTCTGGAACAAATATTTTCATATGACAGCTCATTAATTCAGTCCTTACAATAATACTGCAAGGTAATTTATTATTACTCCACGTTTTACCTGAAACTGAGCTCAAAAAGTTTAGATAACTTGACCAAGGTCATATAGTTTTTAAGCACCAAAGCAGTATCAAATCCAGATCTAAATCTGTTAACTACTTGTTAAAACTCAAAGCTCATAGTCTTTAGAGAACATTTTGGGTCAAACTAAATGATCTTGGTTCTAGGGCAGTAGGAATAAGGTAGCAAAGAAAAAAAAAAGGCAGCTGTTCATTTGATGCCTAAATGTTCACAGTGTACACACAATGCTGAAGCTACGCTTTGTAACTCTTAAGTGTTATTTCTTTTGCTAATAAATGCATTTTATGTAAGGAAAGACTTTGAAAAACAGTATCTCCAGATAGAATGGAAGCTGGGCCACCTTGCTAGGCTCTCCTACACCCCAATCGCATTTTCCAAAGTAGGGAGAAAGGTACAGTTCAGAACCTCTGTTTTTCAAACTGGAATAAGGCCTCTCTCTTACTTTTCCCCCAACTCTTTAAGACAGACAGTTTTTATTTTGAAACTTGGCCTAGATTGTGGGGCAAAGCACAACCAAATGAAATGGGTGAATTCCCATTTTGATCCTTATTGTCATTCTCCATCTCAGGTAGCTGATGGATCCAGGCTAAATGTGGGTCAAAAAGTATGTTATAGATCAGCTTTAGTTGAAAAAAAATGTGTATACACCAATACAACTCAATGGGGGAATAAAAACTTTTTCAACAAATAGTGTTAAGACAACTGGATATCTGCATGCAAGTGAATGAAGTTGGACCCCTACCTCACACCATACACAAAATTTAACTCAAAATGGATGATAGTCTTAATTGTAAGAACTAATGCTCTAAAACTCTTAGATGAAAATATAGGGGCAAATCTTTATGACCCTGAGTTAGGCAAAGCCTTTTTAATTGTGACACCAAAAGTACAGTCTACAGAAGAAAACTAGAAAAAATGGACTATATGAAAACCTAAACTTTTGTACTGCAAAAGATACCATCAAGCTAGTAAAAAATGCAACCCACAGACTCGCAGAAAATATTTGCAAATAAAATACCTTATAAGAGATTTGTATCCAGAATATATTACAAAAAACTCATAACTCAATAGTGAAAAAATAACCCAATTAAAAATAGGCAAAGAATCTAAATAGACATTTCTCCAAAGAAGATATAGAAATGGCCAATAAGCACATGAAAAGATGTTCAACATCCCTAGTCATACGGGAAATGCAAATCAAAATCACAATGAGACATCACTTTACACCCATTAAAATGGCCATAATCAAAACGACAAGTGTTGGTGATGATGTAGAGACATTAGAACACTGAAATTGTTGGAAGAATGTAAAGTGGTGCAGATGCTTTGGAAAACAGTTTAGCAGTTCCTCAAGATGTTAAATGTGGAGTTACCAGATGACTCAGCAATTCCACTCCTAAGTCTATACCCAAAAAAGGCAGAAACAAATGTCCATATGAAAACTTGTACATGAATGCTCATAATGTTCATAGGAACATTGTTCATAATGGCCAAAAATGTGAAAACAGCCCATATACCCATCAACTGATGAACAGATGAATTAGATGTGGTATAGCCATACAATAAATTATTATTCAGTAATAAAAAGGAATGAAATACTGATAAATGCTACAAAATATTAGAACCTTGAAAATGTTATTCCAAGTGAAATAAGCCAGTCACAAAAGACCACATATTGTACAATTCAATTTATATGAAGTGTCCAGAACAGGTAAATCTACATTTAGAGAAAGTAGATTAGTGGCTGCCTAGGGCTAGGAAATGTGAGGAGAAATGGAAAGTGACTGAAAATGGGTATGGGGTTTCTTTTGGGAGTTATGAAAATGTTCTGAAATTGATAGTGGTGATGGTTGCACAACTCAATAATATACTTAAAACTATTGAATTGTACATTTTAATTATGCAAATTGTATGGTAGGTGAGTTTTATTTCAATATTTATATCCACACACACCTACACATAGAATTATATGTATATGTTTACACACACACACACACACACACACACACACACATATATATATATATATGTGTCCAAAGCAAATTCATATTAAAGTGGGGGCAATGTCAAGTATAGAAAACCACCCACAGATACTCCTCTGCTTTAGCCTAACATGTGGCTGTGTGACCAAAGGTACTGTGAAAAGCAATTAGATGGTGTTTTCTGAAAAAAAATTTTATTGAGGTATAATTTACATGTGACAAAGTACTCCCATTTCAGTTCATAGTTTGATGTGTTTTCACAAATGTGACCACCATATAACCAACACATTCAAGATACAGAATATTTTTATTACCCCAAAAAGTCCCTTGTGCCCCTCTGTCTCAAAATGCCCAACCCTAGGCAACAATTGATCTACTTTATGTCATTTTAAGTAAGTTTTGCCCTTTTCTATAATTCCAGATAAATTAAATCCTACAGCATGTACTATTTGGGACCTGGACTTTTTTATAACTCAGGATAATATATTTGAGATTCAACCATGTGTCATGCATATCTCTAATACATTGCTTTTTTATTGCTGAGAGTATTCCCTTATATAAATAGACTAAAGTTTGTTTTGCACTCATCTGCTTAAGGACATTTGATATTTTTCCCTCATTTTAGTTATTATGAACACTGATATACAAGTTTTTGTGTGAACATATGTTTTCACTGCTCTTTGGTAAATGAACAGAAGTGGAAACACTAGGTCTTATAAGTGTATGCCTAACTTTATAAGAAACTGCCAACCTGATTTCCAAAATGTTAATACTATTCTACATACCCACAAGCAATATATGTAAGTCTTTTTAATTGTATTCATATAGTGGGTATCTCATGTAGTTTTCAATTGCCTTTCCTTGATGACTAATTAAATGGAACATCTTTTCATGTGCCTTTGGCCATTCATGTGTGCGTGTAAAGTGTCTGTCCAAATCTTTTGCCTATTTAAAAAATTTATTTTTAATTGAGTTGTATAAGTTTTTTTTAATACATTCTGGATTCAAACCTTTATCAGCTTAGTCTGTGGCTAAAAATTTCATTTTCTTAATGGTGTCTTTCTTAATAGTGCCTTTGATAAAGTCTAATGTATAATTTTTTCTTTTATGTTTCAAATGTTTTGTGTCGTAAGAAATCTTCGCATATGCCAATGTTGAAAAACTTCTAGTTTTACAGTTTTAATTTTTATGTTTCAGTATACTACCTATTTCAAGTTAATTTTTGAGTCTACAGTAAAGGGTTGAAGTTCATTTTTTGTATATGAATATCCAATTTTGTAGAACCATTTGTTGAAAGCCTATTTCCCCACTAAAATATCTTCTTAACAACATTTAATCACAAGATTCTTCATTTCCCTTTTATAGTCACACCCACTTCCTTCCAACTTTCCTTTAATCCTCTTCTCATTAACTCCTACCAACCACTAATCTGTTTTCCCTTTCTATAATTTGGTCATTTCAAGAATATTGACTATATGGAATCATAAAGTATATAACCTTTTGGGATTTGCTGTTTATTCTTTGCATTTATCCATGTATGATGTTTTTCCTTCATTTGTATAGATCTAAATTTCATTGATAGTATTTGCCTTGCATCTGAAGAACTTGCATTTTAAGTCAGCTGGTGAATAATTCTGTCAGCTTTTGTTTGCCTGAAAAAGTTTTTATTTCATATTTATTTTTGAATGGTATTTTTATTGGATATAGAATTCTAGGTTGACAGTTTGCTGTTTTTGTTACAGCTCTTTAAAGACGTCATGTCATTTTCTTCTGATTTAAAAGTTTCTGACAAGACATATGTGAGTATTGTTATCTTTGTTCCTCTGTATGTAATTTTTTTGTCAGCTCTTAAAATTTTCTCTTTATCAATTTTGTTCAGTAATTTGATCATGAACTCCTTTGGTGTGATTTTATTTTGTGTTTATCCTTCTTGGAGTTGTTGACCTGCTTGGATCTATGAGTTTATAATTTTCATAAAATATGAAAAGTTTTTAGCCACTACTTGTGATATTTTTTCTGCCCTTCATCCTTTCTGGGACTCCAGTGATATGCATATTTACAATAGCTGCTTAAAAGACCTTGTTTGTTAATTCTATTTTCTCTGTCATTTTAGGTCTATTTCTGTTAACTGATTTTTCTCCTAGTTATAAGTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTTTTAGGCATGCCTGGTAATTTTGGATTGGATGCTGGACATTGCGCCTTCATATTGTTGAATGCTGGATATTGTCCTCTTTAATGGATGTTGAACTGTGCTCTTACTGGCAGTTAACTTAATTACATATCAGCTTGATCCTTTTTTAGGCTTTATTAAAACTTTATTAAGTAGACTTTACTCTAGGGCTTATTTAGTCCTATAACTAAGCTGTGACTTATTTTGGAATGCCCTCAATATTAAGCAAGGACCCTAAATTTACCCTGGCTGGTCATAACTCAAACTTCTACCAGCCCTGTATTGCCTCTGGAAATATTCAACTTACAGATACCTGGTAGTTCTTTGCCTGGCTTGTGCAATTTCAGCCTACATATAGCAGTCAGCTGTAGTTACAAGAGGAATGCTATAAAGATCCTCAGCATTTTCTCTACTGAGCACATTCCAGCCACTCAGCCTCTTCAAATTCAAATTTTTGTCTTCTCAACTCTGTGATATCATGCTCTTCTTGAGTGTGTATTGTGGTCCAGAAAGTATCTCCAGGCAGAAAGTTGGTATTATCATAGGTCTTATCTCATTTGTTTCCTTTCTCTGAGGAGTCACAGAACTGTACTAATTACCAAAAGGAGTTTTTTTCATAGATTTTTGTCTGGTTTTCTAGTTGTTTACAGTAAGAGAATAAGTCCAACTCCATTCACTCTCTTGTGTCTGGAAGTAGAAATCACTGATATTATCTATGTTAATACAGTGAAAAAACATCCAGTGTTGTCCCTCTTTCCATCCTCACCCCCACACCTCCACCACTAATACTGTCTCAGTGATGTGCAATATCCAAGGCTTGATTTAGGTCTAATGAAT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A 100 PASS 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chr1 249175897 chr1uGROUPERuDELu4u25993 CCATACTGAACTATTAAAGTTATTTGAAATGACAATTGTAATAATATCTTCCTTGAGGAGTTCTACAATCTTTGCTGTTATTTCTTTAAGTCCTTCCTTTAATGAGTACTGTTTGGTGCATGTAACCTGCTGTGGTGTAGACAGTGTTATGGACTTCATTTTAATTTGAACTAGGTTAGAAAATTTTAGTTCCTCTAGTTTCCTTTAATATAAGTTAAAAAGATTTGGAATAAAATTCATTCCTGTAATGTCTTATAATTTGGGTGAGCAGTAAAAAGTGCATAGAGCAGTATAGAAGCAGAGG C 100 PASS CLUSTER_NUM=140439;CONTIG=TACTGAACTATTTAGATATCCCTGTGGTAATGTTTTGAATTGGTATTGTTTACCTTCCCATGTAAAGTTGGTATATTCCTGGCTTGCTTTATTTATTGGTTTGGCAAAGAACACATCTGACATGTCTATGATTGTATAGTATTTGTCATTATGATTAATGATCTTATTAACTAGCTCTTCTACATCTGGTAATGCTCTTGGCATTTTAGTTGAGACTTTATTTAAATTTCTATAGTCAATAGTTAATCTATAGCTCCTGTTTGTTTTTAAGACAGGCCAAGAAAGCTTCAAGTTTATTTACCTCTGAGTCCTTCTGTATGAATGTTTATTGTGGGATCTGGCCAGCAGCCCGCAATGCAATGGGGCTCTCTCTTTGTTCCCAGGCAGATCGGCAGGTTGAGAAATAATAGACACACACAAGATAGTGAAAGCTGGGTCCAGGGGGGTCACCGCCTTCTGGTCCCACGGAGCCAAAAATGCACGGGATATACCAGCATTTATTATTAAGTTTAGTGAGGGCAGGGGTAGGTTAGTGAGGGATTTAGGGTCATTTGATTATGAGGTTAGATGGTCACATGGGGATGAAGTAATTCTTTAACATAACATCTGTATGCAGAAGTACAGTAT;CONTIG_NUM=136911;DOWNSTREAM=CAAGAAAGCTTCAAGTTTATTTACCTCTGAGTCCTTCTGTATGAATGTTTATTGTGGGATCTGGCCAGCAGCCCGCAATGCAATGGGGCTCTCTCTTTGTTCCCAGGCAGATCGGCAGGTTGAGAAATAATAGACACACACAAGATAGTGAAAGCTGGGTCCAGGGGGGTCACCGCCTTCTGGTCCCACGGAGCCAAAAATGCACGGGATATACCAGCATTTATTATTAAGTTTAGTGAGGGCAGGGGTAGGTTAGTGAGGGATTTAGGGTCATTTGATTATGAGGTTAGATGGTCACATGGGGATGAAGTAATTCTTTAACATAACATCTGTATGCAGAAGTACAGTAT;END=249176200;NS=1;READSOURCES=(0:44:63,1:0:64);SOMATICSCORE=60;SVLEN=-303;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=TACTGAACTATTTAGATATCCCTGTGGTAATGTTTTGAATTGGTATTGTTTACCTTCCCATGTAAAGTTGGTATATTCCTGGCTTGCTTTATTTATTGGTTTGGCAAAGAACACATCTGACATGTCTATGATTGTATAGTATTTGTCATTATGATTAATGATCTTATTAACTAGCTCTTCTACATCTGGTAATGCTCTTGGCATTTTAGTTGAGACTTTATTTAAATTTCTATAGTCAATAGTTAATCTATAGCTCCTGTTTGTTTTTAAGACAGGC GT:GQ 1/.:.
chr10 20219603 chr10uGROUPERuDELu0u11231 AAAAAAAGGCTGGCACGGTGGCTCACACCTGTAAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGTGGGTCACCTGAGGTTGG A 47 PASS CLUSTER_NUM=60987;CONTIG=GTATACTGATTTTGGAAAATATGTCAGCTCAATTTGGAAGATTGCTAAACCACCTAAAACAGAGCCTGTTTAAAAAATAAATAAATAAAAAATAATAGTTCAAGGCCAGCCTGACCAACAAGGTGAAATCCCATCTCTACTAAAACTACAAAAATTAGC;CONTIG_NUM=59978;DOWNSTREAM=GAGTTCAAGGCCAGCCTGACCAACAAGGTGAAATCCCATCTCTACTAAAACTACAAAAATTAGC;END=20219683;NS=1;READSOURCES=(0:7:18,1:0:60);SOMATICSCORE=40;SVLEN=-80;SVTYPE=DEL;UPSTREAM=GTATACTGATTTTGGAAAATATGTCAGCTCAATTTGGAAGATTGCTAAACCACCTAAAACAGAGCCTGTTTAAAAAATAAATAAATAAAAAATAA;ensembl_gene_id=ENSG00000120594 GT:GQ 1/.:.
chr11 56932527 chr11uGROUPERuDELu1u8703 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C 100 PASS 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GT:GQ 1/.:.
私はコードを使用しました：
out = open('/home/istolarek/OUTintersectPT','w')
masterlist = [row for row in Pt]
for line in a:
g=[]
if line.startswith('chr'):
line = line.strip().split()
g.append(line[0])
## print line[0]
##print len(w)
for row in masterlist:
row = row.strip().split()
f = range(int(row[1]),int(row[2]))
w=[]
for i in g:
if i == row[0]:
w.append(int(line[1]))
for i in w:
## print line[0],row[0],line[1]
## out.write(str(line[0])+'\t'+str(row[0])+'\t'+str(line[1])+'\t'+str(f)+'\n')
if int(i) in f:
out.write(str(line)+'\n')
else:
break
else:
break
out.close()
このコードは機能しているように見えますが、時間がかかりすぎます。
したがって、両方のファイルの列 1 が一致する場合は、2 列目の比較に進みます。ファイル a の 2 番目の列は単なる数値 (行 [1]) であり、ファイル Pt では値の範囲 f = range(int(row[1]),int(row[2])) です。したがって、列 1 の一致に関する最初の条件 (chr 値を持つこれら) と、ファイル a の 2 番目の列の値が f の範囲内にある場合、これらの行を出力に書き込みます。
私は別のものを書きました：
私が書いた：
masterlist = [row for row in Pt]
for line in a:
line = line.strip().split()
for row in masterlist:
row = row.strip().split()
b = int(line[1])
f = range(int(row[1]),int(row[2]))
if (line[0] == row[0]):
if a in f:
print b,f
これらは両方とも一致する必要があります。ただし、スクリプトは Pt ファイルから最初のオントライのみを報告します。最初のエントリが一致しない場合、出力は none です。スクリプトがすべての一致を出力するようにしたい
私はかなり長い間これと戦っています。