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ノードを解析してアクセスしたい RDF/XML データがあります。次のようになります。

<!-- http://purl.obolibrary.org/obo/VO_0000185 -->

    <owl:Class rdf:about="&obo;VO_0000185">
        <rdfs:label>Influenza virus gene</rdfs:label>
        <rdfs:subClassOf rdf:resource="&obo;VO_0000156"/>
        <obo:IAO_0000117>YH</obo:IAO_0000117>
    </owl:Class>



    <!-- http://purl.obolibrary.org/obo/VO_0000186 -->

    <owl:Class rdf:about="&obo;VO_0000186">
        <rdfs:label>RNA vaccine</rdfs:label>
        <owl:equivalentClass>
            <owl:Class>
                <owl:intersectionOf rdf:parseType="Collection">
                    <rdf:Description rdf:about="&obo;VO_0000001"/>
                    <owl:Restriction>
                        <owl:onProperty rdf:resource="&obo;BFO_0000161"/>
                        <owl:someValuesFrom rdf:resource="&obo;VO_0000728"/>
                    </owl:Restriction>
                </owl:intersectionOf>
            </owl:Class>
        </owl:equivalentClass>
        <rdfs:subClassOf rdf:resource="&obo;VO_0000001"/>
        <obo:IAO_0000116>Using RNA may eliminate the problem of having to tailor a vaccine for each individual patient with their specific immunity. The advantage of RNA is that it can be used for all immunity types and can be taken from a single cell. DNA vaccines need to produce RNA which then prompts the manufacture of proteins. However, RNA vaccine eliminates the step from DNA to RNA.</obo:IAO_0000116>
        <obo:IAO_0000115>A vaccine that uses RNA(s) derived from a pathogen organism.</obo:IAO_0000115>
        <obo:IAO_0000117>YH</obo:IAO_0000117>
    </owl:Class>

完全な RDF/XML ファイルは、ここにあります。

私がやりたいことは、次のことをすることです：

  1. エントリを含むチャンクを見つける<rdfs:subClassOf rdf:resource="&obo;VO_0000001"/>
  2. で定義されたリテラル用語にアクセスする<rdfs:label>...</rdfs:label>

したがって、上記の例では、コードは 2 番目のチャンクを通過し、「RNA ワクチン」を出力します。

私は現在、次のコードで立ち往生しています。ノードにアクセスできなかった場所。それを行う正しい方法は何ですか？XML::LibXML を使用する以外のソリューションは歓迎されます。

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Data::Dumper;
use Carp;
use File::Basename;
use XML::LibXML 1.70;

my $filename = "VO.owl";
# Obtained from http://svn.code.sf.net/p/vaccineontology/code/trunk/src/ontology/VO.owl

my $parser = XML::LibXML->new();
my $doc = $parser->parse_file( $filename );

foreach my $chunk ($doc->findnodes('/owl:Class')) {
        my ($label) = $chunk->findnodes('./rdfs:label');
        my ($subclass) = $chunk->findnodes('./rdfs:subClassOf');
        print $label->to_literal;
        print $subclass->to_literal;

}
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3 に答える 3

3

RDF を操作するための多数の Perl パッケージへのリンクが含まれているperlrdf.org Web サイトを見てください。

RDF/XML は正規化されたシリアル化ではないため、XPath を使用して RDF/XML にアクセスするよりも、これらを使用する方がはるかに柔軟で、エラーが発生しにくい可能性があります。つまり、シリアル化に使用するツールに応じて、同じデータをさまざまな XML 形式で表すことができます。

于 2013-07-18T06:51:53.487 に答える
3

XML であるかのように RDF を解析するのはばかげています。まったく同じデータがさまざまな方法で表示される可能性があります。たとえば、次のすべての RDF ファイルには同じデータが含まれています。準拠する RDF 実装は、それらを同じように処理する必要があります...

<!-- example 1 -->
<rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#">
  <rdf:Description rdf:about="#me">
    <rdf:type rdf:resource="http://xmlns.com/foaf/0.1/Person" />
    <foaf:name>Toby Inkster</foaf:name>
  </rdf:Description>
</rdf:RDF>

<!-- example 2 -->
<rdf:RDF
    xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
    xmlns:foaf="http://xmlns.com/foaf/0.1/">
  <foaf:Person rdf:about="#me">
    <foaf:name>Toby Inkster</foaf:name>
  </foaf:Person>
</rdf:RDF>

<!-- example 3 -->
<rdf:RDF
    xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
    xmlns:foaf="http://xmlns.com/foaf/0.1/">
  <foaf:Person rdf:about="#me" foaf:name="Toby Inkster" />
</rdf:RDF>

<!-- example 4 -->
<rdf:RDF
    xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
    xmlns:foaf="">
  <rdf:Description rdf:about="#me"
    rdf:type="http://xmlns.com/foaf/0.1/Person"
    foaf:name="Toby Inkster" />
</rdf:RDF>

<!-- example 5 -->
<rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#">
  <rdf:Description rdf:ID="me">
    <rdf:type>
      <rdf:Description rdf:about="http://xmlns.com/foaf/0.1/Person" />
    </rdf:type>
    <foaf:name>Toby Inkster</foaf:name>
  </rdf:Description>
</rdf:RDF>

<!-- example 6 -->
<foaf:Person
    xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
    xmlns:foaf="http://xmlns.com/foaf/0.1/"
    rdf:about="#me"
    foaf:name="Toby Inkster" />

他にも6つのバリエーションを簡単に挙げることができますが、ここでやめておきます。そして、この RDF ファイルには 2 つのステートメントしか含まれていません。私の名前は「Toby Inkster」です。OP のデータには 50,000 を超えるステートメントが含まれています。

そして、これは RDF の XML シリアル化にすぎません。他にも連載あります。

これらすべてを XPath で処理しようとすると、どこかの塔に閉じ​​込められて、睡眠中にトリプルについてつぶやく狂人になってしまう可能性があります。トリプル…

幸いなことに、グレッグ・ウィリアムズがそのメンタルヘルスの弾丸をあなたのために取ってくれました. RDF::TrineとRDF::Queryは、Perl に最適な RDF フレームワークであるだけではありません。それらは、どのプログラミング言語でも最高です。

RDF::Trine と RDF::Query を使用して OP のタスクを達成する方法は次のとおりです。

#!/usr/bin/env perl

use v5.12;
use RDF::Trine;
use RDF::Query;

my $model = 'RDF::Trine::Model'->new(
    'RDF::Trine::Store::DBI'->new(
        'vo',
        'dbi:SQLite:dbname=/tmp/vo.sqlite',
        '',  # no username
        '',  # no password
    ),
);

'RDF::Trine::Parser::RDFXML'->new->parse_url_into_model(
    'http://svn.code.sf.net/p/vaccineontology/code/trunk/src/ontology/VO.owl',
    $model,
) unless $model->size > 0;

my $query = RDF::Query->new(<<'SPARQL');
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
SELECT ?super_label ?sub_label
WHERE {
    ?sub rdfs:subClassOf ?super .
    ?sub rdfs:label ?sub_label .
    ?super rdfs:label ?super_label .
}
LIMIT 5
SPARQL

print $query->execute($model)->as_string;

出力例:

+----------------------------+----------------------------------+
| super_label                | sub_label                        |
+----------------------------+----------------------------------+
| "Aves vaccine"             | "Ducks vaccine"                  |
| "route of administration"  | "intravaginal route"             |
| "Shigella gene"            | "aroA from Shigella"             |
| "Papillomavirus vaccine"   | "Bovine papillomavirus vaccine"  |
| "virus protein"            | "Feline leukemia virus protein"  |
+----------------------------+----------------------------------+

更新:上記のスクリプトにプラグインして、必要なデータを取得できる SPARQL クエリを次に示します。

PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX obo:  <http://purl.obolibrary.org/obo/>
SELECT ?subclass ?label
WHERE {
    ?subclass
        rdfs:subClassOf obo:VO_0000001 ;
        rdfs:label ?label .
}
于 2013-07-19T14:27:22.013 に答える