私はJythonが初めてです。ここからjarファイルをダウンロードしましたhttp://www.jython.org/downloads.html
Jython 2.7beta1 のダウンロード - jython.jar インストーラー: バンドルされた python ファイルのないスタンドアロン バージョン。
私がそれを実行すると：
$ java -jar jython-2.7-b1.jar
Jython 2.7b1 (default:ac42d59644e9, Feb 9 2013, 15:24:52)
[Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (Apple Inc.)] on java1.6.0_33
>>> print "hello"
...
エコーされた文字列「hello」を取得せず、代わりに「...」を取得しました。
ここでのポイントは、この jar から欠落している「バンドルされた python ファイル」とは何かだと思います。