Python NetworkX パッケージを使用して、分子動力学シミュレーションから原子座標を使用してグラフを生成する方法がわかりません。理想的には、原子座標を「引き渡し」、ノードが原子でエッジが最近傍であるグラフを取得できればいいと思います。最短パス リングも生成する必要があります。1 つの解決策は、Scipy.spatial.KDTree モジュールを使用して最近傍を取得し、その結果からノードとエッジを手動で挿入することです。他の考えを持っている人はいますか？
助けてくれてありがとう！
-SB