サーバー側の実行は、AJAX 呼び出しとその他の呼び出しで違いはありません。明確にするために、ブラウザーのデバッグ ツール (FireBug や Chrome ツールなど) の [ネットワーク] タブを見てください。ページのロード時と AJAX リクエストが行われたときに、サーバーに対して行われたリクエストを監視します。それらはすべて同じ構造を共有しています。
主にヘッダーとコンテンツで構成される HTTP 要求がサーバーに送信され、サーバーは主にヘッダーとコンテンツで構成される HTTP 応答で応答します。リクエストには動詞 (GET、POST など) もあり、応答にはコード (200、404、500 など) もあります。これらの詳細は、AJAX リクエストであるかどうかに関係なく、すべて同じです。
たとえば、「通常の」PHP ページに対して AJAX 要求を行うと、ブラウザーのデバッグ ツールで、応答にそのページのすべての HTML が含まれていることがわかります。サーバーは違いを認識せず、リクエストに応答しただけです。
応答をどう処理するかは、クライアント (Web ブラウザー) 次第です。「通常の」ページ読み込みの場合、ブラウザは HTML ページをレンダリングします。AJAX リクエストの場合、JavaScript はレスポンスを処理する必要があります。