上記のコメントで提供されたパウロヤのソリューションを投稿したかったのです。問題のある参照を見つけるための最良の解決策だと思います。
「問題のある参照」を見つける最も簡単な方法は、ビルド出力の詳細度 ([ツール]、[オプション]、[プロジェクトとソリューション]、[ビルドと実行]、[MSBuild プロジェクトのビルド出力の詳細度]、[詳細]) を設定し、ビルド後に出力ウィンドウを検索することです。警告のために。そのすぐ上のテキストを参照してください。
たとえば、出力パネルで「競合」を検索すると、次のようなものが見つかる場合があります。
3> There was a conflict between "EntityFramework, Version=5.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=b77a5c561934e089" and "EntityFramework, Version=6.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=b77a5c561934e089".
3> "EntityFramework, Version=5.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=b77a5c561934e089" was chosen because it was primary and "EntityFramework, Version=6.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=b77a5c561934e089" was not.
ご覧のとおり、EF バージョン 5 と 6 の間に競合があります。