スタンドアロンのコマンド ライン ブラストを実行して、多くのクエリ シーケンスをヌクレオチドの大規模なデータベース シーケンスに対して整列させています。blastn プログラムのコマンド ライン パラメータを変更して、一致/不一致スコアなどのさまざまなパラメータを変更できます。
私は疑問に思っています- blastn が出力する「ビットスコア」について、ビットスコアを比較して、クエリとデータベースシーケンスが同一であるが、一致/不一致パラメーターが異なるアライメントのビットスコアを比較することは理にかなっていますか? ブラストがさまざまなパラメーター値でどの程度うまく機能しているかを評価しようとしていますが、すべてが均等な根拠で比較されていることを確認したいと考えています。ありがとう。
ビット スコアを比較すると、BLAST のパフォーマンスがどの程度優れているかについての洞察が得られると考える理由は、私には明らかではありません。通常のやり方
残念なことに、BLAST やその他のアラインメント プログラムに関する作業の多くは、局所的なギャップのないアラインメントを調べ、その理論をギャップのあるアラインメントに経験的に拡張することに基づいています。特に、ビット スコアは次のように計算されます。
S' = ( lambda * S - ln(K) ) / ln(2)
上記の式で、K とラムダは置換行列の定数、S はスコア (置換スコアとギャップ スコアの合計)、S' はビット スコアです。これは、ギャップ オープン/ギャップ エクステンド パラメータを変更した結果、ビット スコアが確実に変化することを意味し、比較が無効であることを意味します。これは、ギャップのあるアラインメントに関する理論がほとんどないため、残念な結果です。そのため、特定のシステムの最適なギャップ スコアは経験的に測定する必要があります。
ビット スコアは比較できないため、アライメント スコアを含まない別のデータ セットに基づいて評価を行うことをお勧めします。たとえば、タンパク質配列を比較するための最適なギャップ開口/ギャップ拡張パラメーターに関心がある場合、既知の構造のタンパク質を調べて、構造的に意味のあるアラインメントを作成する能力に基づいて各パラメーター セットを評価できます。これにより、アラインメント スコアを完全に比較する必要がなくなります。これは、ビット スコアを単独で比較することは明らかに有用ではないため、良いことです。
ビット スコアが比較できないということは、必ずしも真実ではありません。NCBI の Web サイトの BLAST ドキュメントから:
「ビット スコアは正規化されています。つまり、異なるスコアリング マトリックスが使用されていても、異なるアラインメントのビット スコアを比較できます。」
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=handbook&part=ch16
私はあなたがそれを行うことができるかどうかわからない。一致/不一致パラメータを変更する必要は本当にありますか? あなたの目的は何ですか？