chdir() を使用していますが、これが初めてで、ディレクトリを変更すると問題が発生します。
ディレクトリを変更するときは、chdir(directory_name); を使用します。しかし、現在のディレクトリを確認するとき、または実際のディレクトリが変更されていないため、最初に入力したディレクトリに存在する別のディレクトリにアクセスしようとすると、エラーが発生します
編集:コードを表示せずに申し訳ありませんが、解決策を見つけました。$_SESSION を作成して、現在のディレクトリと、変更した新しいディレクトリを格納します。
if(!isset($_SESSION['dir'])) {
chdir("../../filesystem");
$_SESSION['dir'] = getcwd();
} else {
chdir($_SESSION['dir']);
}