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でラザニア プロットについて読んでいRます。リンク先の論文の付録には、これらのプロットを実装するための多くのコードがあります。しかし、それはpdfであり、RStudioにコピーできません(少なくとも、方法がわかりません)。誰かがこれらをパッケージ化したことがありますか、またはより使いやすい形式のコードを持っている人はいますか?

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実際の質問に答えるには: コードはこちらの PDF ドキュメントにあります: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2937254/bin/NIHMS225391-supplement-1.pdf

そして、Adobe Reader で簡単にコードを選択し、コピーしてテキスト ドキュメントに貼り付けました。

于 2013-07-23T20:50:32.767 に答える
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名前はかわいいですが、ラザニア プロットは正確にヒート マップのように見えます。ヒート マップは、他のパッケージで非常にうまくプロットされます。Carl Witthoft が指摘したコードの最初のプロット例を考えてみましょう。ggplot次のように再現できます。

## Create the data
palette <- brewer.pal(4, "PuOr")[-2]
## the matrix containing data for Figure 02a
H.mat <- matrix(NA, nrow=4, ncol=6)
H.mat[1, 1:6] = 100*c(2, 1, 1, 1, 1, 2)
H.mat[2, 1:6] = 100*c(2, 2, 2, 3, 2, 1)
H.mat[3, 1:6] = 100*c(2, 2, 1, 1, 1, 3)
H.mat[4, 1:6] = 100*c(3, 3, 2, 1, 2, 3)

library(ggplot2)
library(reshape2)
rownames(H.mat)<-c('P1','T1','P2','T2')
colnames(H.mat)<-seq(ncol(H.mat))
names(dimnames(H.mat))<-c('Subject','Time')
H.df<-melt(H.mat)

ご希望に応じて、様々なカラーリングが可能です。

# For continuous values.
ggplot(H.df,aes(x=Time,y=Subject,fill=value)) + geom_tile(colour='black')

ここに画像の説明を入力

# If you consider the value to be categorical.
ggplot(H.df,aes(x=Time,y=Subject,fill=factor(value))) + 
  geom_tile(colour='black')

ここに画像の説明を入力

# If you want those exact colours the author used:
col<-palette[match(ordered(H.df$value),levels(ordered(H.df$value)))]
ggplot(H.df,aes(x=Time,y=Subject,fill=col)) + 
  geom_tile(colour='black') + scale_fill_identity()

ここに画像の説明を入力

于 2013-07-23T22:22:34.690 に答える
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何年も経って、nograpes の回答に基づいて github リポジトリが開始されました。

https://github.com/swihart/lasagnar

于 2015-02-28T05:34:23.633 に答える