javascript 変数を php に渡して関数を実行し、それを javascript に戻すことが可能です。
私が欲しいのは、入力フィールドをクリックして値を取得し、デコードしてそれを返すことです
<script type="text/javascript">
$('.my_id').click(function(){
var lv = $('div.special_box form input').val();
var lv = <?php base64_decode( 'here should come my javascript variable' )?>
});
</script>