intellij のプロジェクトはモジュールで構成されています。モジュールは、Java モジュール、Android モジュール、または何でもかまいません。モジュールには、Java コードとそのすべてが含まれています。モジュールは、プロジェクト ライブラリまたはグローバル ライブラリのライブラリを参照できます。グローバル ライブラリは一度だけ定義する必要があります。必要なすべてのプロジェクトのプロジェクト ライブラリ。
パッケージは Java の概念であり、IDE に依存しません。
ちょっとしたゲームをやりたいとしましょう。「mySuperGame」という intellij プロジェクトを作成します。次に、intellij から「logic」と「ui」という 2 つの Java モジュールを作成します。「ui」のモジュール設定で、opengl と dep を使用するプロジェクト ライブラリを指定します。「ロジック」に。ロジック クラスのパッケージ名は「com.mysupergame.logic.XXX」になります。
詳細については、 http://confluence.jetbrains.com/display/IDEADEV/Structure+of+IntelliJ+IDEA+Projectを参照してください。