のheatmap関数を使用してmade4、サンプル ファイルからこのヒートマップ デンドログラムを作成しました。
data(khan)
heatplot(khan$train[1:30,], lowcol="blue", highcol="red")
この図のように、ヒートマップの端にサンプルのラベルのパネルを追加するにはどうすればよいですか?
この場合のラベルは、ヒートマップの最初の列と一番上の行に隣接する四角形であり、各サンプルのラベルを示すために使用されるため、ラベルがヒートマップ/デンドログラムによって示されるクラスタリングに対応しているかどうかを確認できます。この特定のプロットでは、それらのラベルを樹状図クラスターの色に正確に対応させることを選択しましたが、この方法である必要はありません。ラベルの一般的な列と行をサンプルに追加する方法を探しています。デンドログラムの特定のしきい値を適用した結果のクラスタリングに対応しない場合があります。
heatmap関数とkhanデータは次のとおりmade4です。
require(made4)
http://www.bioinf.ucd.ie/people/aedin/R/pages/made4/html/heatplot.htmlを参照してください。
同じものを描画できる代替手段、heatplotつまり階層的クラスタリングに基づいた 2 つのデンドログラムを横に並べたヒートマップを喜んで使用します。heatplotはほんの一例です。
@HeatherTurner が提案したように試してみるとheatmap.2、この画像が表示されます (マトリックスの行/列ラベルをオフにしてクラスター化を減らす方法がわからない):
ヒートマップが壊れているようです。小さなデータセットでこれを再現するコードは次のとおりです。
require(gplots)
data(khan)
heatmap.2(as.matrix(khan$train[1:30,])
これはこれを生成します：
これらの破損したヒートマップの原因は何ですか?
更新: 申し訳ありませんが、ヒートマップは破損していないと思いますtrace。ヒートマップを介してシアンの線が描画されるのは列だけです。設定trace=noneすると問題が解決します。
heatmapps hasのように見えますがRowSideCols、どちらが同じ引数でしょうか?