読み込まれている php.ini ファイルを確認する
phpinfonginx経由でリクエストされたときに(おそらくphp-fpm経由で)どのphp.iniファイルがロードされているかを(で)確認すると、cliとは異なるiniファイルがロードされていることがほぼ確実に明らかになります。php-fpm の使用を想定すると、次の ini ファイルが読み込まれる可能性があります。
/etc/php5/fpm/php.ini
/etc/php5/fpm/conf.d/*
zmq.ini ファイルがリストされていません。
php-fpm の zmq をロードしています
zmq を php にインストールするための指示に従い、 zeromqの ini ファイルを作成します (または/etc/php5/cli/conf.d/、明らかに cli 用にロードされているため、そこからファイルをコピーします)。
# /etc/php5/conf.d/zeromq.ini
extension=zmq.so
次にphp-fpmを再起動します
sudo /etc/init.d/php5-fpm restart
また、zeromq を使用できるようにする必要があります。