ディレクトリツリーをループして、ツリーのない新しいディレクトリへのシンボリックリンクを作成するbashスクリプトが必要ですが、ファイルの名前をディレクトリを示す新しい名前に変更します。
このようなもの：
元：
ディレクトリ
-- ディレクトリ A
---- ディレクトリAA
------ ファイルAA1
------ ファイルAA2
----ファイルA1
----ファイルA2
-- ディレクトリ B
----ファイルB1
-- ディレクトリC
----ファイルC1
----ファイルC2
----ファイルC3
行き先：
ディレクトリ宛先
--DirectoryA - DirectoryAA - FileAA1
--DirectoryA - DirectoryAA - FileAA2
-- ディレクトリ A - ファイル A1
-- ディレクトリ A - ファイル A2
-- ディレクトリ B - ファイル B1
-- ディレクトリ C - ファイル C1
-- ディレクトリ C - ファイル C2
-- ディレクトリ C - ファイル C3