私はすでに複数の配列アラインメントを行った 520 のインフルエンザ配列のセットを持っており、ペアごとの同一性マトリックスを計算しました。別のシーケンスを追加したい場合は、すべてを再調整し、PWI マトリックス全体を再計算する必要があります。この他のシーケンスをアラインメントに「追加」し、他のすべてのシーケンスに対してのみ PWI を計算するために使用できるプログラムはありますか?
簡単な例は次のようになります。次のスコアの 2x2 アライメントがあります。
SeqA SeqB
SeqA 1.00 0.98
SeqB 0.98 1.00
完全なアラインメントを再実行せずに、他のすべての配列に対して「SeqC」を実行するだけで、次のマトリックスを取得したいと思います。
SeqA SeqB SeqC
SeqA 1.00 0.98 0.99
SeqB 0.98 1.00 0.97
SeqC 0.99 0.97 1.00
私は BioPython パッケージを使用しており、Python が好みの言語ですが、必要に応じて Java でも問題ありません。
[BioStars に参加していない専門家がここにいる場合に備えて、BioStars からの相互投稿であることをここでは断言します。BioStars の投稿はhttp://www.biostars.org/p/77607/ですが、内容はまったく同じです。]