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ジョブをリモートで実行していますが、ジョブを実行しているクラスターに必要な R パッケージがありません。私はそれを使用してインストールしようとしました:

if(!require(hglm)){install.packages("hglm");require(hglm)}

そして、CRAN ミラーを選択する必要があることに気付きました。追加してみました：

selectCRANmirror()

スクリプトに追加しても、エラー メッセージが表示され、CRAN ミラーを非対話的に選択できません。

次に追加してみました：

selectCRANmirror(ind=72)

これは、ローカル コンピューターで CRAN ミラーを UK (セント アンドリュース) に設定するために使用するものですが、これによりエラー メッセージが生成されます。

Error in chooseCRANmirror(ind = 72) : unused argument(s) (ind = 72)

リモートデバイスでCRANミラーを選択する方法を誰かが説明できるかどうか疑問に思っていましたか?

提案された行を含めるようにスクリプトを修正しました。

if(!require(hglm)){install.packages("hglm",repos="http://cran.us.r-project.org")

" http://star-www.st-andrews.ac.uk/cran " (St. Andrews mirror)に置き換えて、次のメッセージを受け取りました (問題がどこにあるかを明らかにするために、前のスクリプトを含めました):

setwd("~/lustre2/s0784669")
load("df1QCMAF.RData")
.libPaths('~/RLibrary')
if(!require(GenABEL)){install.packages("GenABEL");require(GenABEL)}
#Loading required package: GenABEL
#Loading required package: MASS
#GenABEL v. 1.7-6 (May 16, 2013) loaded
if(!require(hglm)){install.packages("hglm",repos="http://star-www.st-andrews.ac.uk/cran");require(hglm)}
#Loading required package: hglm
#Installing package(s) into '/export/users/s0784669/RLibrary'
#(as 'lib' is unspecified)
#Warning: unable to access index for repository http://star-www.st-andrews.ac.uk/cran/src/contrib

私が試してみました：

library(RCurl)
url.exists("http://star-www.st-andrews.ac.uk/cran")

クラスタ上のインターネット アクセスを確認すると、次のメッセージが表示されました。

library(RCurl);
#Loading required package: bitops
url.exists("star-www.st-andrews.ac.uk/cran")
#[1] FALSE

インターネットにアクセスできないことを示唆しています。ソースコードにアクセスする必要がありますか? そして、これはアクセス可能ですか？

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あたり?install.packages:

repos 文字ベクトル、使用するリポジトリのベース URL。たとえば、" http://cran.us.r-project.org " などの CRAN ミラーの URL。

のようなことをしてくださいinstall.packages("hglm", repos="http://cran.us.r-project.org")。代わりに St Andrews への URL を挿入してください。

于 2013-07-29T12:49:31.733 に答える