私のチームでは、Netbeans を使用しているものと Eclipse を使用しているものがあるため、各 Java プロジェクトの Subversion リポジトリには Netbeans と Eclipse のプロジェクト ファイルがあります。
Java プロジェクト内に Netbeans & Eclipse プロジェクト設定ファイルを保持したいのですが、それらは IDE に固有のものです。
サブバージョン内の Java ソース ファイルのみを維持するのを手伝ってください。
mavenなどの一般的なビルド インフラストラクチャを使用します。これにより、maven pom.xml ファイル内のすべての設定 (ソース エンコーディング、Java バージョンなど) が (同様に) カプセル化されます。
ライブラリの依存関係もバージョン管理され、サブプロジェクトは Maven で管理されます。
NetBeans はすぐに使える Maven を認識しており、Eclipse には優れた Maven プラグインがあります。
私の経験では、特に eclipse での手動構成と成長した ant スクリプトは面倒です。