URL のサイトがありhttp://localhost/my-site/ます。というファイルtest.phpがルートに存在しますが、という名前のフォルダーtestは存在しません。
のようなリンクを開くhttp://localhost/my-site/test/と、ファイル test.php が開かれます。代わりに 404 エラーを出すべきではありませんか? 面白いビジネスをしている .htaccess ファイルはありません。の書き換えルールがtest/何にも一致しないため、書き換えは .htaccess ファイルが実行される前に行われるようです。ただし、の書き換え規則test.phpは一致します。
Apache 2.4.2 で WampServer 2.2 を使用しています。