選択引数は自動的に文字列として使用されます。これを変える:
String[] whereArgs = new String[] {"'%" + mFilter + "%'" };
これに:
String[] whereArgs = new String[] {"%" + mFilter + "%" }; (removed ' from your strings)
そこに余分な'ものがあると、テキストがキャンセルされ、''%John%''ビルダー'は選択引数を自動的に処理します。
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クエリもこれに変更します。
String sql = "SELECT * FROM Salary WHERE emp_id in (select _id from Employee where employee_name like ?)";
Cursor c = getDB(mContext).rawQuery(sql, whereArgs);
編集2
以下のクラスでセットアップを再作成したところ、すべてのコードが正常に実行されました。ユーザー John から取得した結果、両方の結果が得られました。データベースの作成に問題があるか、データベース内にデータがないだけだと思います。DDMS を使用してデータベースをプルし、SQLite ブラウザーで開きます。データベース内にデータがあるかどうかを確認します。そうである場合、テーブルの作成タイプが select ステートメントと一致しません。GetMyValues() を呼び出すと、カーソルから 2 つのレコードが返されます。
public class DataBaseHandler extends SQLiteOpenHelper {
    private static final String TAG = "DBHandler";
    //Database VERSION
    private static final int DATABASE_VERSION = 2;
    //DATABASE NAME
    private static final String DATABASE_NAME = "test";
    //DATABASE TABLES
    private static final String TABLE_SALARY = "Salary";
    private static final String TABLE_EMP = "Employee";
    //DATABASE FIELDS
    private static final String SalaryID= "_id";
    private static final String SalaryEmpName = "employee_name";
    private static final String EmpID= "_id";
    private static final String EmpAmt = "amount";
    private static final String EmpSalID = "emp_id";
    //DATABASE TYPES
    private static final String INTPK = "INTEGER PRIMARY KEY";
    private static final String INT = "INTEGER";
    private static final String TEXT = "TEXT";
    //CREATE TABLES
    private static final String CREATE_SALARY_TABLE = "CREATE TABLE " + TABLE_SALARY + "("
                + EmpID + " " + INTPK + "," +  EmpAmt + " " + INT + ","
                + EmpSalID + " " + INT + ")";
      //CREATE TABLE Salary(_id INTEGER PRIMARY KEY,amount INTEGER,emp_id INTEGER)
    private static final String CREATE_EMPLOYEE_TABLE = "CREATE TABLE " + TABLE_EMP + "("
                + SalaryID + " " + INTPK + "," + SalaryEmpName + " " + TEXT + ")";
      //CREATE TABLE Employee(_id INTEGER PRIMARY KEY, employee_name TEXT)
    public DataBaseHandler(Context context){
        super(context, DATABASE_NAME, null, DATABASE_VERSION);
    }
    @Override
    public void onCreate(SQLiteDatabase db) {
        db.execSQL(CREATE_EMPLOYEE_TABLE);
        db.execSQL(CREATE_SALARY_TABLE);
        insertEmployeeValues(db);
        insertSalaryValues(db);     
    }
    private void insertEmployeeValues(SQLiteDatabase db){
        ContentValues values = new ContentValues();
        values.put(SalaryEmpName, "John");
        db.insert(TABLE_EMP, null, values);
        values.clear();
        values.put(SalaryEmpName, "Rocky");
        db.insert(TABLE_EMP, null, values);
        values.clear();
        values.put(SalaryEmpName, "Marry");
        db.insert(TABLE_EMP, null, values);
        values.clear();
    }
    private void insertSalaryValues(SQLiteDatabase db){
        ContentValues values = new ContentValues();
        values.put(EmpAmt, 500);
        values.put(EmpSalID, 1);
        db.insert(TABLE_SALARY, null, values);
        values.clear();
        values.put(EmpAmt, 400);
        values.put(EmpSalID, 1);
        db.insert(TABLE_SALARY, null, values);
        values.clear();
        values.put(EmpAmt, 600);
        values.put(EmpSalID, 2);
        db.insert(TABLE_SALARY, null, values);
        values.clear();
        values.put(EmpAmt, 700);
        values.put(EmpSalID, 2);
        db.insert(TABLE_SALARY, null, values);
        values.clear();
        values.put(EmpAmt, 350);
        values.put(EmpSalID, 3);
        db.insert(TABLE_SALARY, null, values);
        values.clear();
    }
    @Override
    public void onUpgrade(SQLiteDatabase db, int oldVersion, int newVersion) {
        db.execSQL("DROP TABLE IF EXISTS " + TABLE_EMP);
        db.execSQL("DROP TABLE IF EXISTS " + TABLE_SALARY);
        onCreate(db);
    }
    public int GetMyValues(){
        String mFilter = "John"; 
        String[] whereArgs = new String[]{"%" + mFilter + "%"};
        int count = 0;
        SQLiteDatabase db = this.getWritableDatabase();
        String where = " emp_id in (select _id from Employee where employee_name like ? )";
        Cursor c = db.query("Salary",null, where, whereArgs,null,null,null);
        count = c.getCount();
        c.close();
        return count;
    }
}
開発リファレンス:  
  ?s を選択に含めることができます。これは、selectionArgs からの値で置き換えられ、選択に表示されます。値は文字列としてバインドされます