Tomcat にデプロイされた Web アプリケーションを考えてみます。一部の MBean は登録されており、JConsole から使用できます。
この MBean で操作を呼び出すと、RMI 呼び出しの ClassLoader は、MBean を登録した WebApp に固有のものではないようです。http://tomcat.apache.org/tomcat-7.0-doc/class-loader-howto.htmlを考えると、Bootstrap、System、または Common の ClassLoader を使用していると思います。
MBean を登録した WebApp クラスローダーで RMI/MBean 呼び出しを実行するにはどうすればよいですか?