Lubuntu 13.04 で実行されている gedit 用のマークダウン プレビュー プラグインをインストールしました。期待どおりに動作します。
ただし、見やすくするために、各マークダウン ファイルの上部にローカル スタイルシートへのリンクを含めることで、結果の html パネル (左側のパネル) の外観を変更しました。しかし、このアプローチは明らかに、既存のすべてのマークダウン ファイルを変更する必要があることを意味します。
それを避けるために、プラグイン~/.local/share/gedit/plugins/markdown-preview/__init__.pyのコードが含まれているものを調べたところ、 39 行目と 40 行目 (以下に再現) が表示されます。
# Can be used to add default HTML code (e.g. default header section with CSS).
htmlTemplate = "%s"
これにより、プラグインにスタイルシートを見て、それに応じて html のスタイルを設定するように何らかの方法で指示できるという印象を受けます。しかし、何をすべきかわかりません（実際htmlTemplate = "%s"に変更する必要がある場合）。