WinZip AES 256 を使用して DotNetZip を使用して暗号化された zip ファイルを作成しています。
私が理解している限り、ディレクトリの可視性は Zip 形式の制限です。これがコンポーネントの削除/zipファイルへの追加の変更にも適用されるか、またはそのような変更を防ぐ方法が存在するかどうかは疑問です。
編集:
Zip File Formatを簡単に読むと、単一のエントリの暗号化に関係なく、zipfile 内の構成要素のランダムな削除/追加を防ぐ唯一の解決策は、二重圧縮であることが示されているようです。