CKEDitor でターゲットを _self に設定しても。これをすべてのリンクに入れています。これがデフォルトのようで、ユーザーが選択した他の設定を上書きします。CKEDitor ソース ビューでは _target="blank" は表示されませんが、ノードが公開されるとリンクはこのようになります。
リンクは次のようになります
<a target="_blank" rel="nofollow" href="#" style="color: rgb(85, 26, 139); text-decoration: none;">submitting an online application</a>
http://screencast.com/t/BEbaMw8SZ
最新の CKEditor Full Package をダウンロードし、Drupal モジュールで使用しています。
更新: TINYMCE に変更しましたが、同じ問題が発生しているため、これは CKEditor ではなく Drupal の問題です。