これがばかげた質問である場合は申し訳ありません。ドキュメントに目を通しましたが、ディレクトリまたはフォルダーの検索は、githubディレクトリ全体のクローン作成に関するものを除いて出てきませんでした。
以前の質問「ファイルとフォルダーを github リポジトリに追加するにはどうすればよいですか? 」も調べましたが、この質問には答えていないようです。
私が作成しようとしているものの例は、https://github.com/rstudio/shiny/Rにあります。R は作成したいサブディレクトリです。
いつもご愛顧いただきありがとうございます、フランシス