python - 構造セグメントのみを整列して保存

Question

構造A内の短いセグメントを短い構造Bに合わせようとしています。「Biopythonを使用したタンパク質の重ね合わせ」に従ってみました

しかし、A からの短いセグメントのみを保存してこれを保存したいので、結果を保存する際に問題が発生します。

アライメントの呼び出しは正常に機能します:

super_imposer.set_atoms(residuesBCA,residuesACA)

整列位置への連続変換が実行されます

for residue in residuesACA:
    residue.transform(super_imposer.rotran[0],super_imposer.rotran[1])

しかし、残差を保存できないため、結果を確認できません

io = PDBIO()  
io.set_structure(residuesACA)
io.save('./' + pdbFile)

ioここでは完全な構造が必要ですが、前のループではセグメント残基のみを変換しました。それらをディスクに保存するにはどうすればよいですか?