scaffold - 454-Newbler アセンブリの特定の足場に入るコンティグを見つける

Question

どのコンティグがどのスキャフォールドに入るかを呼び出すための非常に単純なスクリプトが必要だと思います。Newblerで組み立てた454個のデータです。

ありがとう！

Answer 1

grep -f を使用することもできます:)

Answer 2

修正ありがとうございます;)

454Scaffolds.txt ファイルを単純に「grep」すると、次の出力が得られます。

-bash-3.2$ grep scaffold10511 454Scaffolds。Txt scaffold10511 1 1251 1 w contig368342 1 1251 + scaffold10511 1252 2340 2 n 1089 fragment yes scaffold10511 2341 3244 3 W contig368343 fragment yes scaffold10511 7473 10932 7 W contig368345 1 3460 + scaffold10511 10933 11579 8 N 647 fragment yes scaffold10511 11580 15817 9 W contig368346 1 4238 + scaffold10511 15818 19635 10 N 3818 fragment yes scaffold10511 19636 21767 11 W contig368347 1 2132 + scaffold10511 21768 22244 12 N 477 フラグメント はい scaffold10511 22245 25733 13 W contig368348 1 3489+ scaffold10511 25734 28642 14 N 2909 フラグメント はい scaffold10511 28643 32182 15 W contig368349 1 3540 +

私が理解しているように、この足場は contig368342-->368349 に基づいているため、この質問に答える必要があります;)