Github から新しいリポジトリを複製し、作業ディレクトリの FETCH_HEAD ファイル -> .git には次のものが含まれています。
fe300b2c9852acf68b4f1dd78ace916a083f3236    not-for-merge   branch 'master' of ssh://git@github.com/mike123/myRepo.git
not-for-merge とはどういう意味ですか?
基本的に、git fetchブランチを取得して結果をFETCH_HEADファイルに保存します。の一部として実行されるとgit pull、この情報は後で内部的に使用され、何をマージする必要があるかが決定されます。
複数のブランチがフェッチされた場合、マークされていないブランチのみnot-for-mergeが後でマージされます。Junio によるこのブログ投稿も参照してください。
あなたの場合、JGit (Git リポジトリを操作するために EGit が使用するライブラリ) は、コマンドライン Git 実装とは異なる動作をしているようです。コマンドライン Git では、FETCH_HEADクローン作成直後はありません。しかし、最初にプルした後、ファイルはそこにあります。引っ張ってみて、ファイルがどのように変化するかを確認してください。ただし、この実装の違いは害にはなりません。