今のところ、キャンバス全体を画像として保存していて正常に動作しますが、画像として保存するために既に描画されている長方形のみが必要です。
キャンバス全体を保存するために以下のコードを使用しています
//attempt to save base64 string to server using this var
var dataUrl = document.getElementById('canvas').toDataURL();
var windowContent = '<!DOCTYPE html>';
windowContent += '<html>'
windowContent += '<head><title>Print canvas</title></head>';
windowContent += '<body>'
windowContent += '<a href="' + dataUrl + '" target="_blank"><img src="' + dataUrl + '"></a>';
windowContent += '</body>';
windowContent += '</html>';
var printWin = window.open('','','width=890,height=820');
printWin.document.open();
printWin.document.write(windowContent);
printWin.document.close();
printWin.focus();
//Lets say i made a rectangle -- Just example
context.beginPath();
context.moveTo(x + 32, y + 32);
context.rect(locX+1, locY+1, 26, 26);
context.closePath();
context.fillStyle = color;
context.fill();