biopython - biopython の emboss によって生成された配列アラインメント スコアを取得する

Question

biopython でエンボスを使用して比較した 2 つのシーケンスのアラインメント スコアを取得しようとしています。私が知っている唯一の方法は、エンボスによって生成された出力テキスト ファイルから取得することです。問題は、何百ものこれらのファイルを繰り返し処理する必要があることです。それに頼らずに、アライメントスコアを取得するためのより簡単でクリーンな方法はありますか? これは、私が使用しているコードの主要部分です。

From Bio.Emboss.Applications import StretcherCommandline
needle_cline = StretcherCommandline(asequence=,bsequence=,gapopen=,gapextend=,outfile=)
stdout, stderr = needle_cline()

Answer 1

私は同じ問題を抱えていて、きちんとした解決策を探すのにしばらく時間を費やした後、白い旗を立てました。

ただし、出力ファイルの処理を大幅に高速化するために、次のことを行いました。

1）正規表現を処理して必要なすべてのデータを抽出するためにre pythonモジュールを使用しました。

2) 出力ファイル用の RAM ディスク領域を作成しました。ここで RAM ディスクを使用すると、RAM メモリ内のすべてのデータを処理および交換できます (ハード ドライブから出力ファイルを読み書きするよりもはるかに高速であり、大量のアライメントを処理する場合に HDD を節約できることは言うまでもありません)。