BITS はバックグラウンドでデータを転送するために使用されますが、CLICKONCE は多かれ少なかれ、アプリケーションのインストール/更新/実行に必要な DLL/実行可能ファイルの JIT ダウンローダーです。
さらに、ClickOnce はすぐに使えるエクスペリエンスです。これは既に機能していますが、BITS ソリューション (古いアップデータ アプリケーション ブロックを使用するソリューションでも) では、アプリケーションを更新するためのフレームワークを展開する必要があります。
また、BITS ソリューションが「トリクル」アプローチであるとは何も言っていないことに注意してください。ファイルを 1 つのバッチでダウンロードし、優先度を高くして基本的に ClickOnce の機能をエミュレートするか、FireFox が更新を実行する方法と同様に、バックグラウンドで更新をダウンロードするようにビルドすることができます。
最後に、ClickOnce には、配置された ClickOnce アプリケーションが既定で許可されていること、または既定で通信が許可されているリソースについても、セキュリティ上の影響があることに注意してください。詳細はこちらをご覧ください。