2

このデータから:

UQdata  MudUQ   Estuary   Site
7.00    10.9    NoriPau   A
6.00    13.9    NoriPau   A
5.00    10.3    NoriPau   B
4.00    7.9     Porirua   A
4.00    8.3     Porirua   A
4.00    8.7     Porirua   A
4.00    10.9    NoriPau   B
3.00    9.8     Porirua   B
3.00    9.8     Porirua   B
3.00    11.5    Porirua   B

mgcv パッケージを使用して、以下の GAM モデルをフィッティングしています。

aa2.estuary <- gam(UQdata~s(MudUQ, bs="ps", k=5) + s(Estuary, bs="re"), 
                   family=Gamma(link=log),data=Antho)

問題: とを 2 つのランダム効果 (つまり ) として追加EstuaryしたいのSiteですが、これを試みると次のエラーがスローされます。Estuarys(Estuary ~ Site + Estuary, bs="re")

aa2.estuary <- gam(UQdata ~ s(MudUQ,bs="ps", k=5) + 
                   s(Estuary~Estuary+Site, bs="re"),
                   family=Gamma(link=log),data=Antho)

Error in `contrasts<-`(`*tmp*`, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) : 
  contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels
In addition: Warning message:
In s(Estuary ~ Estuary + Site, bs = "re") :
  number of items to replace is not a multiple of replacement length

ここで何か助けていただければ幸いです。

mnel、私はあなたの提案文字列を試しました：

> aa1.estuary<-gam(UQdata~s(MudUQ,bs="ps", k=5) + s(Estuary, bs="re") + s(Site, Estuary, bs = 're'),family=binomial, gamma=1,data=Antho)
Error in while (mean(ldxx/(ldxx + ldss)) < 0.4) { : 
  missing value where TRUE/FALSE needed

何か案は？

4

1 に答える 1

3

生データに戻り、Sites各河口に関連して名前を変更することにより (以下を参照):

UQdata  MudUQ   Estuary   Site
7.00    10.9    NoriPau   Nori1
6.00    13.9    NoriPau   Nori1
5.00    10.3    NoriPau   Nori2
4.00    7.9     Porirua   Pori1
4.00    8.3     Porirua   Pori1
4.00    8.7     Porirua   Pori1
4.00    10.9    NoriPau   Nori2
3.00    9.8     Porirua   Pori2
3.00    9.8     Porirua   Pori2
3.00    11.5    Porirua   Pori2

そしてSite、別のランダム効果として以下を含めます：

aa2.estuary <- gam(UQdata ~ s(MudUQ,bs="ps", k=5) + s(Estuary, bs="re") + s(Site, bs="re"),family=Gamma(link=log),data=Antho)

そして、どれがどの中にネストされているかを気にする必要はありません。Siteこれにより、内部相関と内部相関の両方が処理されますEstuary。

于 2013-08-21T23:05:32.023 に答える