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以下の関数を使用して、48 列 X 32 行のマトリックスからヒートマップを作成していました。

heatmap.2(all.data,Rowv = FALSE, Colv = FALSE, trace="none",main="All data",col=colorRampPalette(c("green","yellow","red")))

デンドグラムが削除されたためにいくつかの警告が表示されましたが、必要なヒートマップとカラーキーが表示されました。何かが発生し、同じことを実行しようとすると、カラーキーとエラー：

Error in plot.new() : figure margins too large
In addition: Warning messages:
1: In heatmap.2(all.data, Rowv = FALSE, Colv = FALSE, trace = "none",  :
  Discrepancy: Rowv is FALSE, while dendrogram is `both'. Omitting row dendogram.
2: In heatmap.2(all.data, Rowv = FALSE, Colv = FALSE, trace = "none",  :
  Discrepancy: Colv is FALSE, while dendrogram is `none'. Omitting column dendogram.

すべての辺の余白を 1 に変更すると、次のようになります。

par(mar=c(1,1,1,1))
heatmap.2(all.data,Rowv = FALSE, Colv = FALSE, trace="none",main="All data",col=colorRampPalette(c("green","yellow","red")))

再試行すると、ヒートマップが作成されず、次のエラーが表示されます。

Error in .External.graphics(C_layout, num.rows, num.cols, mat, as.integer(num.figures),  : 
  invalid graphics state
In addition: Warning messages:
1: In heatmap.2(all.data, Rowv = FALSE, Colv = FALSE, trace = "none",  :
  Discrepancy: Rowv is FALSE, while dendrogram is `both'. Omitting row dendogram.
2: In heatmap.2(all.data, Rowv = FALSE, Colv = FALSE, trace = "none",  :
  Discrepancy: Colv is FALSE, while dendrogram is `none'. Omitting column dendogram.

関数 key=T にも追加しようとしましたが、カラー キーがまだヒートマップに表示されません。

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5 に答える 5

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過去にプロットが機能していて、現在invalid graphics stateエラーがスローされている場合は、 を呼び出してグラフィックス デバイスをリセットしてみてくださいdev.off()。これは、RStudio のヘルプ サイトで提案されました。

于 2014-08-25T14:43:26.837 に答える
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RStudioにプロットを表示するように依頼する代わりに、プロットを自動的に保存すると、グラフは問題ありません

于 2013-09-06T08:00:04.750 に答える