Eclipse コンソール ビューはターミナル エミュレーターではなく、空白以外の制御コードを解釈しようとさえしません。したがって、動作は「バグ」ではなく、設計によるものです。
(バックスペース)などの制御文字を解釈したい場合\bは、コマンド ラインから Java プログラムを実行するのが最善の方法です。Windows でも動作cmdするはずです\b。
(キャリッジ リターン\r) 文字は、コマンド ラインでも機能するはずです。利点は、1 つだけで行頭に戻ることができることです。