ほとんどの Java ベースの CSV 解析実装は、csv フォーマット エラーの場合、ストリームの残りを破棄するようです。例としては、OpenCSV (サイレントに処理を終了する) とCSVeed (行番号と列番号で騒々しく終了する) があります。
障害のある行をスキップし、警告し、残りの有効な行を処理し続けるパーサー/構成の推奨事項は、高く評価されます。
CloverETLを試してください。無効な値/レコードの処理方法を定義するUniversalDataReaderにデータ ポリシー属性を設定できます。