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ノイズのあるデータのグラフを生成するために NetworkX を使用しています。偽のブランチを削除してグラフを「クリーンアップ」し、車輪の再発明を回避したいと考えています。

たとえば、リンクされた画像は、グレーの線で結ばれた色付きのノードとして、グラフのサンプル セットを示しています。白いボックスで示されたノード/エッジを削除したいと思います: http://www.broadinstitute.org/~mbray/example_tree.png

基本的に、削除されるノード/エッジは、通常は数ノード (< 3) の長さのブランチです。それらを取り除くことで、枝が最小限に抑えられた木になりたいと思っていますが、残っている枝は「適切な」長さです。

サブツリーの削除を調べるコードの作成を開始する前に、この目的で使用できる NetworkX 関数はありますか?

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ノードの betweenness_centrality スコアを使用できます。中心性スコアが低いノードが、中心性スコアが著しく高いノードに接続されていて、エッジが 3 つある場合、中心性スコアが低いノードを削除できます。(残りの 3 つ未満の接続されたノードは、メイン グラフに接続されなくなりました。)

「非常に高い」というフレーズを試してみる必要があります。

于 2014-05-12T05:44:28.393 に答える