サブフォルダーを含めるように RewriteRule を簡単に変更できるはずです。
Options -MultiViews
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\.
RewriteRule ^(.*)$ http://www.%{HTTP_HOST}/$1 [R=301,L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^ /subfolder-app/index.php [L]
ただし、これは環境によって「動的に」変化しないことに注意してください。localhost がサブフォルダーではなく webroot で Laravel を使用して実行されている場合、htaccess ファイルにこの変更を加えると、localhost 開発環境で機能しなくなる可能性があります。
これに対する 1 つの解決策は、.htaccess ファイルを使用せず、ドメインの仮想ホスト構成ファイルに書き換えルールを含めることです。これができるかどうかは、ホスティングによって異なります。
このソリューションには、アプリケーション コード リポジトリから (アプリケーション構成ではなく) サーバー構成を削除できるという利点もあります。
編集
OPが使用した最終的な解決策は次のとおりです。これは、私が提案したものとはまったく異なります。
Options -MultiViews
RewriteEngine On
# Rewrite to "www" version
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\.
RewriteRule ^(.*)$ http://www.%{HTTP_HOST}/$1 [R=301,L]
# Add -d check to ensure only rewrite if url
# is not an existing directory
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^ index.php [L]