オープンな Suse 12.3 プラットフォームで gromacs を使用したいのですが、問題が発生しています。gmx_template を使用して分析ツールをコンパイルしようとすると、最初に次のエラーが発生しました。
g++ -L/usr/local/gromacs/lib -o msd msd.o -lmd -lgmx -lfftw3f -lxml2 -lnsl -lm
/usr/lib64/gcc/x86_64-suse-linux/4.7/../../../../x86_64-suse-linux/bin/ld: /usr/local /gromacs/lib/libgmx.a(pthreads.c.o): undefined reference to symbol 'pthread_getaffinity_np@@GLIBC_2.3.4'
/usr/lib64/gcc/x86_64-suse-linux/4.7/../../../../x86_64-suse-linux/bin/ld: note: 'pthread_getaffinity_np@@GLIBC_2.3.4' is defined in DSO /lib64/libpthread.so.0 so try adding it to the linker command line
/lib64/libpthread.so.0: could not read symbols: Invalid operation
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [msd] Fehler 1
次に、メイクファイルの -L オプションに /lib64/libpthread.so.0 を追加しました
しかし、今では次のような多くのエラーが発生します。
/usr/local/gromacs/lib/libgmx.a(pbc.c.o): In function `put_atoms_in_box_omp._omp_fn.0':
pbc.c:(.text+0x862f): undefined reference to `omp_get_num_threads'
それらはすべてopenmpに関連していると思います。私は、openmp サポート (おそらく -fopenmp) を有効にするためのビルド プロセスを十分に理解していません。ウェブサイトのgromacsのインストール手順に従って、クイックアンドダーティインストールを使用しました。
私ができること/これまでに間違っていたことはありますか？私はgcc 4.7を使用しています