Git は、一部のファイルはサブモジュールにあるため、インデックスに追加できないと言っています。これらのファイルがかつてサブモジュールにあったことは事実だと思いますが、まだサブモジュールにあるという兆候は見つかりません。.gitmodules を grep しても、何も見つかりません。ファイルをインデックスに追加できるように、このファントム サブモジュールを削除するにはどうすればよいですか?
ryan@ryan-HP-ProBook-4530s:/opt/staging/my.domain.com/public/profiles/mei_main$ ls
civicrm_starter.sql mei_main.info mei_main.install mei_main.profile modules themes
ryan@ryan-HP-ProBook-4530s:/opt/staging/my.domain.com/public/profiles/mei_main$ git add themes
fatal: Path 'profiles/mei_main/themes' is in submodule 'profiles/mei_main'
ryan@ryan-HP-ProBook-4530s:/opt/staging/my.domain.com/public/profiles/mei_main$ ls -la
total 4704
drwxr-xr-x 4 48 502 4096 Aug 19 11:58 .
drwxr-xr-x 6 48 502 4096 Aug 19 11:49 ..
-rwxr-xr-x 1 503 502 4786089 Apr 29 13:43 civicrm_starter.sql
-rwxr-xr-x 1 48 502 2985 Jun 4 02:20 mei_main.info
-rwxr-xr-x 1 48 502 579 Jun 4 02:20 mei_main.install
-rwxr-xr-x 1 48 502 736 Jun 4 02:20 mei_main.profile
drwxr-xr-x 4 48 502 4096 Aug 26 17:26 modules
drwxr-xr-x 4 48 502 4096 Aug 16 10:23 themes
ryan@ryan-HP-ProBook-4530s:/opt/staging/my.domain.com/public/profiles/mei_main$ cd ../../
ryan@ryan-HP-ProBook-4530s:/opt/staging/my.domain.com/public$ grep path .gitmodules | sed 's/.*= //'
grep: .gitmodules: No such file or directory