はい、実行時に渡すことができます。実際のところ、あなたがタイプしたのとほとんど同じです。これは、たとえばSecretApiInterface.javaという名前の API インターフェイス クラスにあります。
public interface SecretApiInterface {
    @GET("/secret_things")
    SecretThing.List getSecretThings(@Header("Authorization") String token)
}
次に、リクエストからこのインターフェースにパラメーターを渡します。これらの行に沿って何かを渡します: (このファイルは、たとえばSecretThingRequest.javaになります)
public class SecretThingRequest extends RetrofitSpiceRequest<SecretThing.List, SecretApiInteface>{
    private String token;
    public SecretThingRequest(String token) {
        super(SecretThing.List.class, SecretApiInterface.class);
        this.token = token;
    }
    @Override
    public SecretThing.List loadDataFromNetwork() {
        SecretApiInterface service = getService();
        return service.getSecretThings(Somehow.Magically.getToken());
    }
}
Somehow.Magically.getToken()トークンを返すメソッド呼び出しは  どこにありますか。それをどこでどのように定義するかはあなた次第です。
もちろん、あなたの場合のように、インターフェイスの実装に複数の@Header("Blah") String blah注釈を含めることができます!  
私も紛らわしいと思いました.ドキュメントには、ヘッダーを置き換えると明確に書かれていますが、そうではありません! 
実際には@Headers("hardcoded_string_of_liited_use")注釈と同じように追加されます
お役に立てれば ;)