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xmlがあり、xmlslurperでこのファイルを解析できません。ここに私のxmlファイルのコピーがあります：

<Entrezgene-Set>
<Entrezgene>
<Entrezgene_summary>The protein encoded by this gene is a plasma glycoprotein of unknown function. The protein shows sequence similarity to the variable regions of some immunoglobulin supergene family member proteins. [provided by RefSeq]</Entrezgene_summary>
</Entrezgene>
</Entrezgene-Set>

からテキストを取得する必要があります<Entrezgene_summary>

ここに私のコード：

  def pubmedEfetch = {

  def base = "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?"
  def qs = []
  qs << "db=gene"
  qs << "id=1"
  qs << "retmode=xml"
  def url = new URL(base + qs.join("&"))
  def connection = url.openConnection()

  def result = [:]

  if(connection.responseCode == 200){
    def xml = connection.content.text
    def eFetchResult = new XmlSlurper().parseText(xml)
    result.geneSummary = eFetchResult.Entrezgene-Set.Entrezgene.Entrezgene_summary
  }
  else{
    log.error("PubmedEfetchParserService.PubmedEsearch FAILED")
    log.error(url)
    log.error(connection.responseCode)
    log.error(connection.responseMessage)
  }
  render result
}

そして私のエラーメッセージ：

Error 500: groovy.lang.MissingPropertyException: No such property: Entrezgene for class: java.util.Set
Servlet: grails
URI: /geneInfo/grails/genes/pubmedEfetch.dispatch
Exception Message: No such property: Entrezgene for class: java.util.Set 
Caused by: groovy.lang.MissingPropertyException: No such property: Entrezgene for class: java.util.Set 
Class: GenesController

自分のせいがどこにあるのかわかりませんか？

私も試してみます：result.geneSummary = eFetchResult./Entrezgene-Set/.Entrezgene.Entrezgene_summary

誰かがアイデアを持っていますか？ありがとう

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トップタグ (Entersgene-Set>) を逆参照する必要はありません。groovyconsole では、次のように動作します。

xml = """<Entrezgene-Set>
<Entrezgene>
   <Entrezgene_summary>The protein encoded by this gene is a plasma glycoprotein of unknown function. The protein shows sequence similarity to the variable regions of some immunoglobulin supergene family member proteins. [provided by RefSeq]
   </Entrezgene_summary>
</Entrezgene>
</Entrezgene-Set>
"""


def eFetchResult = new XmlSlurper().parseText(xml)
x = eFetchResult.Entrezgene.Entrezgene_summary
println "x is [${x}]"

ところで、ダッシュを含むプロパティ名を使用しようとすると、エラー メッセージが表示されます。

于 2009-12-04T21:23:40.723 に答える
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ありがとう、私はあなたの助けを借りて私の問題を解決するだけです:

  • xml 要素にハイフンがある場合 (例: result.test = eFetchResult.Entrezgene.'Entrezgene_track-info'.'Gene-track'.'Gene-track_geneid')、引用符を使用して、
  • トップタグ参照を削除する（トップタグ参照を保持すると、マップ値は空になります-それを知っておくとよいでしょう:-)

ここで私の修正：

  def pubmedEfetch = {

  def base = "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?"
  def qs = []
  qs << "db=gene"
  qs << "id=1"
  qs << "retmode=xml"
  def url = new URL(base + qs.join("&"))
  def connection = url.openConnection()

  def result = [:]

  if(connection.responseCode == 200){
    def xml = connection.content.text
    def eFetchResult = new XmlSlurper().parseText(xml)
    result.geneSummary = eFetchResult.Entrezgene.Entrezgene_summary
  }
  else{
    log.error("PubmedEfetchParserService.PubmedEsearch FAILED")
    log.error(url)
    log.error(connection.responseCode)
    log.error(connection.responseMessage)
  }
  render result
}
于 2009-12-04T22:12:10.287 に答える