私は Knitr 1.4.1 を使用していますが、チャンク (.Rnw ファイル) の最後の行がコメントの場合、このコメントが前のコメントとして表示されないことを確認しました。
彼女は最小限の例です：
\documentclass[a4paper]{article}
\begin{document}
<<chunk, echo=TRUE>>=
## comment before output
x <- sum(1:10) ## sum number from 1 to 10
x
(x <- sum(1:10)) ## sum number from 1 to 10
## comment after output
x
## final comment
@
\end{document}
Knitr 1.4.1 では、最後のコメント以外のすべてのコメントが斜体で表示されます。上記のチャンクを編成したときに生成された以下の LaTeX コードからわかるよう\hlcom{}に、最後のコメントに がありません。
\begin{knitrout}
\definecolor{shadecolor}{rgb}{0.969, 0.969, 0.969}\color{fgcolor}\begin{kframe}
\begin{alltt}
\hlcom{## comment before output}
\hlstd{x} \hlkwb{<-} \hlkwd{sum}\hlstd{(}\hlnum{1}\hlopt{:}\hlnum{10}\hlstd{)} \hlcom{## sum number from 1 to 10}
\hlstd{x}
\end{alltt}
\begin{verbatim}
## [1] 55
\end{verbatim}
\begin{alltt}
\hlstd{(x} \hlkwb{<-} \hlkwd{sum}\hlstd{(}\hlnum{1}\hlopt{:}\hlnum{10}\hlstd{))} \hlcom{## sum number from 1 to 10}
\end{alltt}
\begin{verbatim}
## [1] 55
\end{verbatim}
\begin{alltt}
\hlcom{## comment after output}
\hlstd{x}
\end{alltt}
\begin{verbatim}
## [1] 55
\end{verbatim}
\begin{alltt}
## final comment
\end{alltt}
\end{kframe}
\end{knitrout}
最後のコメントを他のコメントと同じように見せる方法についてのヒントは大歓迎です。