Blob コンストラクターは android では機能しません (すべての Web ブラウザーをサポートしていません)。簡単な解決策は、Phonegap filewriter を使用して PDF ファイルを作成することです。以下は、jsPDF.jsファイルへの変更です。
output = function (type, options) {
            var undef, data, length, array, i, blob;
            switch (type) {
            case undef:
                return buildDocument();
            case 'save':
                if (navigator.getUserMedia) {
                    if (window.URL === undefined) {
                        return API.output('dataurlnewwindow');
                    } else if (window.URL.createObjectURL === undefined) {
                        return API.output('dataurlnewwindow');
                    }
                }
                data = buildDocument();
                write(data, options);                    
                break;
            case 'datauristring':
            case 'dataurlstring':
                return 'data:application/pdf;base64,' + btoa(buildDocument());
            case 'datauri':
            case 'dataurl':
                document.location.href = 'data:application/pdf;base64,' + btoa(buildDocument());
                break;
            case 'dataurlnewwindow':
                window.open('data:application/pdf;base64,' + btoa(buildDocument()));
                break;
            default:
                throw new Error('Output type "' + type + '" is not supported.');
            }
            // @TODO: Add different output options
        };
「cordova plugin add org.apache.cordova.file」として CLI から cordova file plugin をプロジェクトに追加します。
次に、以下のように phonegap filewriter API を使用してwrite()関数を実装します。
write = function (data, filename) {
    var PERSISTENT = window.PERSISTENT || LocalFileSystem.PERSISTENT;
window.requestFileSystem(PERSISTENT, 0, gotFS, fail);
function gotFS(fileSystem) {
    fileSystem.root.getFile(filename, {create: true, exclusive: false}, gotFileEntry, fail);
}
function gotFileEntry(fileEntry) {
    fileEntry.createWriter(gotFileWriter, fail);
}
function gotFileWriter(writer) {
    writer.write(data);
}
function fail(error) {
    console.log(error.code);
 }
}