ビルド定義の msbuild コマンドライン引数でこれらのパラメーターを指定すると、
/p:Configuration=Release /p:VisualStudioVersion=11.0 /P:UsePublishProfile=True /p:PublishProfile=CI /p:DeployOnBuild=true /p:DesktopBuildPackageLocation=..\Deployment\Files\Package\SubcontractGenerator.zip
msbuild は /p:DeployOnBuild=true 以外のすべてのパラメーターを無視しているように見えるため、droplocation_publishedWebsites\blah blah blah にパッケージを作成するだけです。
私の質問は、ビルド プロセスでパッケージを作成する方法です。パッケージを作成するためだけに CI 発行プロファイルが指定されているためです。