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タブ区切りファイルを R に読み込みました:

> var
          V1         V2     V3
1    sample1   sample18  99.97
2    sample2   sample3   99.97
3    sample3   sample36  99.96
4    sample4   sample2   99.96
5    sample5   sample16  99.96
6    sample6   sample22  99.96
..

V3 からの V1-vs-V2 値が必要なことを除いて、table(V1,V2) のようなコマンドを探しています。つまり、この 3 列のテーブルを距離行列に変換しようとしています。

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