タブ区切りファイルを R に読み込みました:
> var
V1 V2 V3
1 sample1 sample18 99.97
2 sample2 sample3 99.97
3 sample3 sample36 99.96
4 sample4 sample2 99.96
5 sample5 sample16 99.96
6 sample6 sample22 99.96
..
V3 からの V1-vs-V2 値が必要なことを除いて、table(V1,V2) のようなコマンドを探しています。つまり、この 3 列のテーブルを距離行列に変換しようとしています。