実行brew doctor
すると、このエラーが発生します
Warning: Your compilers are different from the standard versions for your Xcode.
If you have Xcode 4.3 or newer, you should install the Command Line Tools for
Xcode from within Xcode's Download preferences.
Otherwise, you should reinstall Xcode.
xcode を複数回再インストールし、毎回 cli ツールを再インストールしました。