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60 列と 182 行を含むシーケンス ファイルがあります。シーケンスは、A、C、T、G などの通常の DNA シーケンスであり、その中に - も含まれます。javaを保存して取得するには何を使用すればよいですか? String クラスの概念などを持っていると便利ですか?

import java.io.*;
public class file 
{
public static void main(String args[]) throws Exception 
{
file fl=new file("FASTA71_5");
FileReader fr=new FileReader(fl);
BufferedReader br=new BufferedReader(fr);
String s;
while((s=br.readLine())!=null) 
{
System.out.println(s);
//System.out.println(s.replace("-","0").replace("G","1")); 
}
//System.out.println(s.replace("-","0").replace("G","1")); } } `enter code here`
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