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一部のデータを MongoDB に保存するときに問題が発生しました。簡単にするために、その構造を以下に示します。

FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..4242774
                     /organism="Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum YAU
                     B9601-Y2"
                     /mol_type="genomic DNA"
                     /strain="YAU B9601-Y2"
                     /sub_species="plantarum"
                     /db_xref="taxon:1155777"
     gene            412..1752
                     /gene="dnaA"
                     /locus_tag="BANAU_0001"
     CDS             412..1752
                     /gene="dnaA"
                     /locus_tag="BANAU_0001"
                     /function="ATPase involved in DNA replication initiation"
                     /codon_start=1
                     /transl_table=11
                     /product="Chromosomal replication initiator protein dnaA"
                     /protein_id="CCG48023.1"
                     /db_xref="GI:380496985"
                     /db_xref="GOA:H8XCH4"
                     /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:H8XCH4"
                     /translation="MENILDLWNQALAQIEKKLSKPSFETWMKSTKAHSLQGDTLTIT
                     APNEFARDWLESRYLHLIADTIYELTGEELSVKFVIPQNQDEEDFLPKPQVKKAAKEE
                     PSDFPQSMLNPKYTFDTFVIGSGNRFAHAASLAVAEAPAKAYNPLFIYGGVGLGKTHL
                     MHAIGHYVIDHNPSAKVVYLSSEKFTNEFINSIRDNKAVDFRNRYRNVDVLLIDDIQF
                     LAGKEQTQEEFFHTFNTLHEESKQIVISSDRPPKEIPTLEDRLRSRFEWGLITDITPP
                     DLETRIAILRKKAKAEGLDIPNEVMLYIANQIDSNIRELEGALIRVVAYSSLINKDIN
                     ADLAAEALKDIIPSSKPKVITIKEIQRIVGQQFNIKLEDFKAKKRTKSVAFPRQIAMY
                     LSREMTDSSLPKIGEEFGGRDHTTVIHAHEKISKLLIDDEQLQQQVKEIKELLK"
     gene            1937..3073
                     /gene="dnaN"
                     /locus_tag="BANAU_0002"
     CDS             1937..3073
                     /gene="dnaN"

私の図から、キー「遺伝子」と「CDS」が何度も繰り返されることがわかります。また、MongoDB から、ドキュメント内のキーの重複は禁止されていることがわかります。 mongoDBのデータ構造?

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1 に答える 1

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ドキュメント内の同じレベルで重複するフィールドをモデル化する代わりに、次のように繰り返される要素にサブドキュメントの配列を使用できますgenes。

{
    source: "1..4242774",
    organism: "Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum YAUB9601-Y2",
    mol_type: "genomic DNA",
    strain: "YAU B9601-Y2",
    sub_species: "plantarum",
    db_xref: "taxon:1155777",
    genes: [
        {
            id: '412..1752',
            gene: "dnaA",
        },
        {
            id: '1937..3073',
            gene: "dnaN",
        }
    ],
    CDS: [
        {
            id: '412..1752',
        }
    ]
}

詳細については、MongoDB マニュアルのサブドキュメントの配列を参照してください。

于 2013-09-10T05:42:23.287 に答える